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10x Genomics Visium空間分析實驗規(guī)劃資源必備指南

瀏覽次數(shù):2142 發(fā)布日期:2021-9-15  來源:怡美通德公眾號

       空間轉(zhuǎn)錄組學是一種開創(chuàng)性的分子分析方法,使科學家能夠測定組織樣本中的基因活性,并繪制該活性發(fā)生的位置。10x Visium空間基因表達解決方案可在整個福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)或新鮮冷凍組織的形態(tài)學背景下定位全轉(zhuǎn)錄組,從空間上解析基因表達,從而獲得疾病病理和臨床轉(zhuǎn)化研究的新見解。
       Visium空間基因表達玻片的核心是帶有空間條形碼、與mRNA結合的寡核苷酸。如需捕獲新鮮冷凍組織的基因表達信息,先處理樣品切片從組織中釋放出mRNA,使其與組織相應位置附近的捕獲寡核苷酸相結合。在組織原位進行逆轉(zhuǎn)錄,生成帶有空間條形碼并保留空間信息的cDNA文庫。如需捕獲福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織的基因表達信息,先對組織進行透化處理,使其釋放出連接的探針對,與玻片上的捕獲探針相結合。延伸探針對,以生成帶有空間條形碼并保留空間信息的文庫。帶有條形碼的文庫可映射回捕獲區(qū)的特定數(shù)據(jù)點。隨后將這種基因表達數(shù)據(jù)與組織切片的高分辨率顯微鏡圖像相疊加,從而能夠以空間分辨的方式觀察組織形態(tài)背景下任一條mRNA或多條mRNA組合的表達。

                       
     
       Visium空間基因表達結合免疫熒光的流程能夠輕松融入標準的組織切片和IF染色方法中,且使用現(xiàn)有的抗體。在同一張組織切片上實現(xiàn)蛋白質(zhì)、總mRNA和組織學分析,最大限度地使用寶貴樣本。將全轉(zhuǎn)錄組空間分析與免疫熒光蛋白檢測相結合,可更全面地捕獲組織切片上的生物學圖像,從而增進對人類健康和疾病的了解。


       將Visium空間基因表達解決方案與易用且廣泛的靶向基因組合相結合,觀察基因表達的空間模式,全面靶向相關基因,聚焦最關鍵的基因,能助力您洞悉研究中最重要的生物學本質(zhì)。用預先設計好的癌癥、免疫學、神經(jīng)科學和基因標簽組合結合新鮮冷凍組織的Visium空間基因表達檢測,來分析一組特定的轉(zhuǎn)錄本。您可以在我們?nèi)娴摹㈩A先設計的基因組合中選擇一種,并自行添加多達200個定制基因,在測序前富集您的Visium空間文庫。
        Visium空間分析實驗規(guī)劃資源必備指南可作為路線圖,幫助您設計Visium空間基因表達實驗,優(yōu)化實驗參數(shù),并確定適當?shù)挠嬎?分析工具來分析空間基因表達數(shù)據(jù)。

                    

        下載該指南,您可以了解以下內(nèi)容:

 

1. 我的研究目標是什么?
2. 我可以使用哪些組織?
3. 針對新鮮冷凍組織:制備和處理樣本的最佳做法有哪些?
4. 針對FFPE組織:制備和處理樣本的最佳做法有哪些?
5. 如何對數(shù)據(jù)進行分析和可視化?
6. 我可以參考哪些使用案例?
7. 實驗室需要做哪些準備?
 
  歡迎您掃描下方二維碼,下載Visium空間分析實驗規(guī)劃資源必備指南

                                               
發(fā)布者:北京怡美通德科技發(fā)展有限公司
聯(lián)系電話:010-84409661
E-mail:heran@emtd.com.cn

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