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中海大:測序與芯片揭示miRNA調(diào)控海參夏眠機制

瀏覽次數(shù):2656 發(fā)布日期:2014-1-15  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負

 海參(Apostichopus japonicus),是生活在海邊至海底8000米的海洋棘皮動物,以海底藻類和浮游生物為食。當夏季來臨,上層海水由于太陽光強烈照射,溫度上升。此時,海底的小生物都浮到海面,進行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海參,迫于夏季食物中斷,進入夏眠,此時,其基礎(chǔ)代謝率明顯減退,耗氧和氨氮排泄率下降,甚至嚴重退化為一個很細小的腸纖維。

 

       MiRNAs在低代謝基因調(diào)控中的作用研究,是一個新興的熱點。為了確定miRNAs是否對海參夏眠過程具有調(diào)控作用,近日,中國海洋大學的陳慕雁博士后領(lǐng)銜的團隊和聯(lián)川生物公司科研團隊攜手,對海參夏眠過程中的miRNAs進行了深入研究,研究成果發(fā)表在10月刊的PLoS ONE上。

 

       研究人員對深度夏眠至少連續(xù)15天狀態(tài)的海參采集樣本,并使用經(jīng)過夏眠后又恢復活動狀態(tài)的非夏眠海參為對照樣本。之后,研究人員采用Solexa深度測序技術(shù)分析了海參腸miRNA的表達譜,結(jié)果一共鑒定出了308個海參miRNAs,包括18個新的海參特異性miRNAs。其中,有42個miRNAs在海參夏眠階段具有表達差異,最突出的miRNAs,包括miR-200-3p, miR-2004, miR-2010, miR-22, miR-252a, miR-252a-3p以及 miR-92,在夏眠與非夏眠階段相比,具有顯著的過表達。差異表達的miRNAs通過miRNA芯片和RT-RCR得到了驗證(miRNA芯片服務(wù)由聯(lián)川生物完成)。通過預測的miRNA靶基因并進行GO分析表明,這些miRNAs在海參夏眠階段的全轉(zhuǎn)錄水平抑制以及細胞分化中發(fā)揮重要作用。

*Chen M, Zhang X, Liu J, Storey KB.(2013) High-Throughput Sequencing Reveals Differential Expression of miRNAs in Intestine from Sea Cucumber during Aestivation. PLoS ONE15;8(10):e76120.[abstract]

發(fā)布者:杭州聯(lián)川生物信息有限公司
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標簽: miRNA芯片
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