使用SBC ToolBox 單細胞抖動圖模塊美化你的單細胞差異marker基因。
 

登錄scRNA Jitter 模塊的兩種方式

a)  直接登錄：

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/scvl/

b)  導航頁面登錄：

登錄SBC ToolBox 點擊側邊欄點圖組件，進入 scRNA Jitter 模塊。
 

c) 單細胞抖動圖主要功能區(qū)域介紹：

i.  數(shù)據輸入接口：上傳數(shù)據至此，只支持 .xlsx格式文件。

ii. 參數(shù)細節(jié)調整：調整可視化結果。

iii. 結果預覽展示區(qū)域：輸出結果可在此區(qū)域預覽。

 

上傳數(shù)據

a)下載demo數(shù)據，詳見主界面操作指南頁面。

b) 了解數(shù)據。

i. 輸入文件格式：.xlsx ，可以使用Excel進行保存打開。

ii. 數(shù)據為差異基因表格整合而成，一共三列：

1. 第一列：GeneSymbol，基因的縮寫，可以用于標記基因。

2. 第二列：log2FC，差異倍數(shù)取對數(shù)。

3. 第三列：Cluster信息，marker基因歸屬于哪一個Cluster。

 

上手實操

a) 小試牛刀，下載demo數(shù)據，上傳提交進行簡單操作。

默認輸出結果預覽如下：

b)參數(shù)調整

i. 調整上下調色階，默認上調顏色為：#DC143C ，下調顏色：#1E90FF。點擊上下調顏色控制按鈕，選擇中意顏色，進行上下調色彩調整。這里將下調調整為墨綠色調整操作如下：

上調操作模式與下調顏色調整操作一致。

ii.調整Jitter Plot點的大小及透明度。

調整以下兩個功能按鈕

操作如下：

iii. 可視化結果標記基因及參數(shù)調整1. 打開上傳文件，選擇目標基因，將基因復制粘貼至基因標記文本框中，注意基因必須在提交的表格里，否則無法標記展示：

2. 結果預覽：

黃色字體為添加到展示結果中的目標基因

 

3. 操作如下：

iv. 主題調整，提供 Dark 、Classic、 Bw、 Void 四種ggplot2經典主題，下拉菜單即可進行調整：

1. 暗黑模式結果：

2. 操作如下：

v. Bar 調整，調整bar的高度，bar中字體的大小及色彩，主要調整bar顏色、bar字大小、bar高度三個功能鍵。

操作如下：

調整bar的展示順序，主要調整Cluster順序進行調整。

vi. 坐標軸添加名稱，直接在x軸名字和y軸名字進行編輯修改：

操作如下：

vii. 圖例開關操作如下，主要用來展示、隱藏圖例信息：

viii. 坐標軸旋轉，操作如下：

ix. 保存結果，默認為.pdf格式結果。可使用SBCToolBox  pdf2png模塊對pdf結果轉換為png格式文件。

c) 擴展：多個兩兩比較結果，保留GeneSymbol、FC、及比較信息列按行合并，整理成輸入數(shù)據格式，提交分析即可進行多組兩兩比較的JitterPlot展示。