我們需要考慮哪些因素來
選擇合適的小鼠品系以實現研究目的?
如何使用已有的數據庫來檢索所需小鼠?
在小鼠基礎知識系列第四講,Dr.J來給大家講一講解決這兩個問題的思路。
1 選擇小鼠品系需要考慮的因素
在選擇小鼠品系時,我們需要將考慮的因素分為兩類:
最主要的一類因素是指與研究直接相關的要點:包括感興趣的基因,突變類型、疾病類型以及需要解決的科學問題等,這類因素通常可以與研究團隊內部深入探討,基于對模型構建原理以及研究目的的深入理解做出判斷和選擇。
除了上述因素,實際上還有很多與小鼠模型相關的其他因素可能會影響您的研究,如果提前了解這些因素,則可以規避風險。
這里我們列出一些常見的影響因素以供參考:
▲ 同樣的突變在不同的遺傳背景上,表型可能會有所差異。(也因此,遺傳背景與實驗設計中,對照組的選擇有密切的關系。(點擊查看:☞
小鼠基礎知識系列一|如何選擇對照小鼠)
以5xFAD阿茲海默癥小鼠為例:
B6.Cg-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (strain#:008730)
B6SJL-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (Strain#:006554)
上述兩個小鼠品系具有相同的突變轉基因,但是遺傳背景不同,strain#:008730 是C57BL/6J遺傳背景,strain#: 006554是C57BL/6 和SJL混合遺傳背景。混合遺傳背景的5xFAD小鼠(Strain#:006554) 的疾病表型較B6遺傳背景的5xFAD小鼠(strain#:008730)嚴重并且發病更早。因此要根據具體實驗設計,做出合理的品系選擇。
▲ 不同亞系的小鼠,盡管名稱相似,表型卻有可能不同。
以C57BL為例:
目前C57BL具有多種不同亞型,包括最常見的C57BL/6J (strain#:000664), C57BL/6N (strain#:005304), C57BL/10J (Strain#:00665),而不同亞系之間由于遺傳漂變逐漸固定,在神經生物學,代謝,免疫等多方面均呈現表型差異。
▲ 對基礎背景品系的研究有助于理解重組近交系小鼠的特征,進而選擇合適的重組近交系小鼠品系進行研究。
▲ 對于移植相關的研究,需要提前了解該種群不同個體之間組織相容或排斥的情況,以避免影響您的研究。因為即使是近交系,在高度近交60代之前,也很難保證100余個組織相容相關的基因位點完全純合。
▲ 請提前確保您的設施滿足所要
引進品系的飼養和實驗需求。
▲ 在選擇和引入一個全新品系時,需要盡可能地
了解品系特征,制定配繁方案,并于飼養人員和供應商的技術部門進行溝通,以確保他們能
正確繁育您的特定品系。
2 小鼠數據資源庫,檢索合適的小鼠品系
在完成研究框架構建的思考后,可以根據感興趣的基因,突變的類型或疾病類型使用以下數據庫,對小鼠品系進行檢索。
以下三個數據庫是最常用的小鼠信息數據庫:
1、JAX® Mice Database(JAX®小鼠資源庫):www.jax.org/mouse-search(相關閱讀鏈接:☞
只要方法選的好,小鼠模型搜索沒煩惱)
杰克森實驗室小鼠資源庫目前保有12,500多個小鼠品系,該數據庫為最常用的JAX®小鼠數據庫。
常見的查找方式有:
▲ 關鍵詞搜索:下圖為JAX®小鼠搜索引擎主頁界面,可以通過品系貨號(stock #)、品系名 (strain name)、等位基因名(allele)、基因名(gene)以及其他關鍵詞(比如小鼠模型常用名:NSG、OT-1)等進行搜索。
▲ 根據研究方向進行瀏覽:在搜索引擎主頁的下方,分類總結了多種特色研究領域的相關模型,您可以點擊進入,以快速查看相關研究方向的小鼠模型。
在檢索到感興趣的小鼠品系后,詳情頁面提供各項關于該品系的信息,包括以下比較常用的內容。
▲ Detailed Description:基因或遺傳信息,表型,適應領域及特殊注意事項。
▲ Development:小鼠的構建過程,引進JAX前后的繁育歷史。
▲ Genotyping Protocols:基因型鑒定方法。
▲ Breeding Consideration:記錄了小鼠品系與繁育相關特征和表型,對于存在繁育表現不佳和對環境敏感的小鼠品系,這里會列出非常有價值的繁育建議和注意事項。
▲ Breeding Strategy:提供了該小鼠品系在JAX®維系種群的配繁策略,可作為引進繁育對時的參考。
2、Mouse Genome Informatics(MGI):www.informatics.jax.org
如圖所示,該數據庫可以從小鼠的遺傳學、基因組學、突變表型和生物學數據等信息進行檢索尋找合適實驗目的的小鼠。
3、Mouse Phenome Database(MPD):phenome.jax.org
全面的表型數據收集,尤其是近交系小鼠。可用于小鼠品系比較或者基礎數據調研。