單細胞檢測技術(shù)的發(fā)展為我們理解復(fù)雜生命體中細胞的組成與各自功能及變化過程提供了強有力的工具。基于單細胞基因表達譜數(shù)據(jù)，我們可以窺探發(fā)育過程中細胞內(nèi)的調(diào)控變化，發(fā)現(xiàn)腫瘤微環(huán)境中的各類細胞及它們的細胞間交流，理解器官組織中復(fù)雜多樣的細胞類型。現(xiàn)有單細胞研究是一個從整體到個體，再由個體特征重建整體的過程。在這個過程中，有一些非常有意思的問題是我們希望通過單細胞數(shù)據(jù)加以理解的，比如，某個組織中，某類細胞的發(fā)育生成過程；在不同條件下，細胞的改變過程和命運等等。因此，我們需要通過特定的分析手段實現(xiàn)對數(shù)據(jù)的分類和還原，并通過數(shù)據(jù)來勾畫出細胞間的變化過程。在這樣的背景下，擬時間序列分析（Pseudotime分析）為我們提供了來解決該問題的工具。

擬時間序列分析（Pseudotime分析）的字面意思是通過構(gòu)建細胞間的變化軌跡來重塑細胞隨著時間的變化過程。從具體的分類分析和復(fù)雜程度來說，可以分為細胞軌跡分析和細胞譜系分析。
細胞軌跡分析指的是簡單模型的細胞變化軌跡分析，通常指的是細胞沿著某個過程有特定化的變化終點，軌跡具有簡單樹狀結(jié)構(gòu)，一端是“根”，另一端是“葉”；細胞譜系分析通常指的是某類祖源細胞，在特定條件下，有多個發(fā)育軌跡和命運，變化過程類似復(fù)雜樹狀分支變化過程。因此，簡單細胞軌跡分析和細胞譜系分析原理上類似，復(fù)雜程度有所區(qū)別，當然，基于此的分析手法和方式也會有所不同。

近期單細胞檢測技術(shù)的發(fā)展也激起了基于單細胞數(shù)據(jù)分析技術(shù)的爆發(fā)。從現(xiàn)有發(fā)表研究來看，已有不同類型的分析方法用于擬時間序列分析。我們對現(xiàn)有常用的分析策略整理如下圖：