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全外顯子組測(cè)序

全外顯子組測(cè)序


Whole Exome Sequencing
全外顯子組測(cè)序(Whole Exome Sequencing,WES)是利用探針雜交富集蛋白編碼區(qū)域DNA序列,通過(guò)高通量測(cè)序,發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)的遺傳突變。
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最后更新:2018-1-30半年訪問(wèn):43
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全外顯子組測(cè)序介紹

全外顯子組測(cè)序(Whole Exome Sequencing,WES)是利用探針雜交富集蛋白編碼區(qū)域DNA序列,通過(guò)高通量測(cè)序,發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)的遺傳突變。研究顯示:人類全外顯子組只占人類全基因組長(zhǎng)度的1%左右,由DNA變異引起的疾病大致有80%以上來(lái)自于外顯子組區(qū)域的變異,因此全外顯子測(cè)序遠(yuǎn)比全基因組測(cè)序(Whole Genome Sequencing,WGS)更簡(jiǎn)便、經(jīng)濟(jì)、高效,其目標(biāo)區(qū)域覆蓋度也更高,便于變異檢測(cè)。

 

檢測(cè)流程 

1、樣本采集,提取基因組DNA。

2、將基因組DNA打斷,構(gòu)建隨機(jī)片段文庫(kù)。

3、文庫(kù)純化,然后通過(guò)外顯子捕獲系統(tǒng)進(jìn)行雜交富集。

4、PCR擴(kuò)增,qPCR質(zhì)量檢測(cè)。

5、上機(jī)進(jìn)行高通量測(cè)序。

6、數(shù)據(jù)分析。

 

 

信息分析流程 

 

 

 

 

信息分析內(nèi)容 
 

1、去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù)。 

2、進(jìn)行數(shù)據(jù)產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)分析、測(cè)序深度分析、覆蓋度均一性分析。 

3、SNP、Indel變異信息檢測(cè)。

4、SNP、indel的RefGene注釋。

5、SNP、Indel數(shù)據(jù)庫(kù)分析 (與dbSNP、千人基因組數(shù)據(jù)、ESP外顯子組數(shù)據(jù)庫(kù)、炎黃基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)注釋分析) 。

6、單樣品SNP保守性預(yù)測(cè)、致病性分析 (SIFT、Polyphen-2、Phylop、GERP scores)。 

7、SNP、InDel在各基因功能元件上的分布統(tǒng)計(jì)。 

 

樣本要求 

1、基因組DNA:Illumina:DNA濃度≥20 ng/μl,總量≥6 μg,OD 260/280介于1.8-2.0之間,電泳檢測(cè)無(wú)明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整。樣品濃度越高越好。

2、血液樣品:請(qǐng)使用專業(yè)抗凝管儲(chǔ)存樣品。哺乳動(dòng)物血液提供>2ml,有細(xì)胞核的血液>500ul。

3、樣品中有多糖、糖蛋白的殘留,往往對(duì)打斷DNA樣品帶來(lái)非常大的麻煩,且很難去除,因此特別要求,客戶提供的樣品一定要將多糖或糖蛋白去除干凈。

4、樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。

 

我們的優(yōu)勢(shì) 

1、完善的服務(wù)體系,全程跟蹤,貼心服務(wù)。

2、最優(yōu)惠的測(cè)序價(jià)格。

3、優(yōu)質(zhì)的測(cè)序質(zhì)量,為您提供最優(yōu)質(zhì)的測(cè)序數(shù)據(jù)。

4、測(cè)序深度100-200X,深度檢測(cè)。

 

咨詢與訂購(gòu)

感謝您選擇我們的服務(wù),如果您有任何問(wèn)題,請(qǐng)聯(lián)系我們,我們將竭誠(chéng)為您解答和服務(wù)。

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