PIXL菌落高精度挑選工作站在抑菌圈研究中的應用
抑菌圈（Automatic Zone of Inhibition，ZOI）是細菌學中常用的一個概念，指的是在一定條件下，感染性細菌生長所形成的周圍清晰的無菌區域，抑菌圈（Automatic Zone of Inhibition，ZOI）的測定是抗菌研究的基石，對研究細菌感染和藥物敏感性有著重要的意義。
英國SINGER公司在PIXL菌落高精度挑選工作站上開發了一款自動ZOI檢測和分析功能，它使檢測、篩選和挑選產生抗菌素的微生物菌落成為可能。
PIXL的ZOI模式(P-ZOI)是一種直觀和高效的工具，可以準確地測量培養皿和SBS板上不同菌種的ZOI和菌落大小，P-ZOI測量的區域大小與手動測量相比有著顯著的優勢，比人工測量增強了數據可追溯性。綜合特征指標的輸出，可以與PIXL的自動精確挑菌能力結合使用，隨著抗菌化合物發現，合成生物學和微生物生態學的應用，P-ZOI為用戶提供了一個可靠易用的解決方案，以簡化ZOI工作流程，改進數據采集，并加速下游工藝。
P-ZOI具有直觀的用戶體驗，可指導用戶運行抑菌圈程序，包括在PIXL中對90mm培養皿或SBS板進行成像(圖1)。PIXL使用最先進的菌落ZOI檢測算法對圖像進行分割，以區分工具菌（對抗生素敏感）涂層，ZOI和菌落（產生抗生素），用戶選擇那些他們想要的菌落和區域，進行進一步分析或使用PIXL挑菌篩選程序。篩選程序可基于的參數，包括平板上菌落或抑菌圈的大小、顏色、臨近度及其他特征，ZOI和菌落的量化指標可連同平板的原始圖像和注釋圖像一起導出，用戶可以使用PIXL挑菌工作站將感興趣的菌落挑選到不同的平板上，以便在瓊脂或液體培養基中進一步培養，或用于下游應用。
P-ZOI的軟件靈活，可與用戶特定需求相適應，照明條件、檢測算法、篩選參數均可調節，可進行最優化的抑菌圈和群體檢測。P-ZOI結合了先進的算法，能夠檢測菌落形態、工具菌涂層顏色和質地、ZOI大小和重疊ZOI等特征差異，這種適應性確保了在處理不同微生物或復雜實驗條件時的可靠性(圖2)。
P-ZOI可以檢測直徑為2至9mm抑菌圈內的中心菌落，并且可以檢測直徑為8至80mm的抑菌圈，與其他抑菌圈重疊(按半徑計算)高達40%。 通過自動檢測抑菌圈，PIXL無需人工測量，最大限度地減小人為誤差，并具有更好的樣品和分析數據之間的可追溯性。
[圖2：P-ZOI可適用于一系列實驗要求。(上圖)在帶有大腸桿菌涂層和中央菌落的90mm培養皿上自動進行抑菌圈和菌落測定，抑菌圈用黃色圈起來，菌落用紅色圈起來，(上圖)枯草芽孢桿菌涂層和大腸桿菌中心菌落在SBS板上的自動重疊區和菌落測定，重疊區域用黃色虛線突出顯示，使用PIXL的中心性選項，篩選中心菌落，較小的、非中心的菌落被檢測出來并用藍色圈標注。]
P-ZOI輸出的數據和圖片，可供用戶分析數據和發表文章使用（圖3)，導出的數據包含特征參數的定量測量，如菌落和ZOI大小以及與其他特征，這些指標使用戶能夠進行統計分析，比較實驗結果，并從他們的數據中獲得有價值的信息。
與這些數據表一起，PIXL生成帶注釋的圖像，這些圖像可以與數據表交叉引用，注釋后的圖像可以導出，根據需要顯示或隱藏菌落的ID、ZOI的ID或ZOI半徑，這些圖像作為視覺參考，促進結果共享和驗證，并實現數據可追溯性，未注釋的圖像也可以導出，允許用戶在第三方軟件中進行自己的分析或注釋。
[圖3:P-ZOI導出數據用于下游應用，PIXL自動生成的帶注釋的ZOI板，圖像中的標簽對應于導出的表，其中包含可檢測特征的測量值。]
使用PIXL挑取抑菌圈內的菌落
PIXL為研究人員提供了一種實用而有效的解決方案，可以選擇生長在抑菌圈內的菌落，并將它們轉移到不同的平板上進行進一步的實驗。
使用PIXL，用戶可以靈活地在抑菌圈內挑選菌落并將其轉移到各種板格式，包括瓊脂板、含有培養基或測定試劑的多孔或深孔板、或PCR板。
PIXL可靠地執行ZOI工作流程并簡化下游應用程序
由于區域形狀不規則，工具菌涂層和抑菌圈邊界之間存在生長漸變，人工測量ZOI半徑可能存在主觀估測，因此不同用戶在手動測量ZOI半徑方面存在顯著差異，標準差(SD)為0.5 mm。超過80%的PIXL的半徑測量值在人工確定的平均半徑的2 SD以內，PIXL的輸出和人工測量值之間高度相似。
在ZOI工作流程中使用PIXL的一個重要好處是數據的存儲和可追溯性，PIXL存儲所有生成的數據，使研究人員能夠輕松地追溯測量到特定區域或特定板上的菌落，該特性增強了數據管理，促進了結果驗證和再現性，此外，PIXL的數據導出功能包括各種不容易用手動方法測量的指標，例如菌落和抑菌圈顏色、亮度、圓度以及與其他抑菌圈的重疊，這些全面的數據為用戶提供了更多的機會來深入了解平板上微生物之間的相互作用。
使用PIXL執行ZOI工作流程的一個關鍵優勢是，具有抑菌圈的菌落的下游處理通過自動挑菌變得更容易，PIXL精確地確定抑菌圈內菌落的位置，在默認條件下定位精度為0.13 mm(±0.05 SD)，這種精度使PIXL能夠精確地挑選菌落并將它們轉移到下游應用的新板上，通過自動化菌落挑選過程，PIXL節省了研究人員的時間和精力，并消除了人為錯誤的機會。
應用
PIXL ZOI模式具有廣泛應用的潛力。
可以根據測量的菌落性質和抑制區(例如ZOI大小)對這些菌落進行優先排序，使用PIXL來挑選感興趣的菌落進行下游處理，以加速對感興趣的目標具有抗菌活性的微生物菌株的表征。
英國SINGER公司在PIXL菌落高精度挑選工作站上開發了一款自動ZOI檢測和分析功能，它使檢測、篩選和挑選產生抗菌素的微生物菌落成為可能。
PIXL的ZOI模式(P-ZOI)是一種直觀和高效的工具，可以準確地測量培養皿和SBS板上不同菌種的ZOI和菌落大小，P-ZOI測量的區域大小與手動測量相比有著顯著的優勢，比人工測量增強了數據可追溯性。綜合特征指標的輸出，可以與PIXL的自動精確挑菌能力結合使用，隨著抗菌化合物發現，合成生物學和微生物生態學的應用，P-ZOI為用戶提供了一個可靠易用的解決方案，以簡化ZOI工作流程，改進數據采集，并加速下游工藝。
P-ZOI具有直觀的用戶體驗，可指導用戶運行抑菌圈程序，包括在PIXL中對90mm培養皿或SBS板進行成像(圖1)。PIXL使用最先進的菌落ZOI檢測算法對圖像進行分割，以區分工具菌（對抗生素敏感）涂層，ZOI和菌落（產生抗生素），用戶選擇那些他們想要的菌落和區域，進行進一步分析或使用PIXL挑菌篩選程序。篩選程序可基于的參數，包括平板上菌落或抑菌圈的大小、顏色、臨近度及其他特征，ZOI和菌落的量化指標可連同平板的原始圖像和注釋圖像一起導出，用戶可以使用PIXL挑菌工作站將感興趣的菌落挑選到不同的平板上，以便在瓊脂或液體培養基中進一步培養，或用于下游應用。
P-ZOI的軟件靈活，可與用戶特定需求相適應，照明條件、檢測算法、篩選參數均可調節，可進行最優化的抑菌圈和群體檢測。P-ZOI結合了先進的算法，能夠檢測菌落形態、工具菌涂層顏色和質地、ZOI大小和重疊ZOI等特征差異，這種適應性確保了在處理不同微生物或復雜實驗條件時的可靠性(圖2)。
P-ZOI可以檢測直徑為2至9mm抑菌圈內的中心菌落，并且可以檢測直徑為8至80mm的抑菌圈，與其他抑菌圈重疊(按半徑計算)高達40%。 通過自動檢測抑菌圈，PIXL無需人工測量，最大限度地減小人為誤差，并具有更好的樣品和分析數據之間的可追溯性。
[圖2：P-ZOI可適用于一系列實驗要求。(上圖)在帶有大腸桿菌涂層和中央菌落的90mm培養皿上自動進行抑菌圈和菌落測定，抑菌圈用黃色圈起來，菌落用紅色圈起來，(上圖)枯草芽孢桿菌涂層和大腸桿菌中心菌落在SBS板上的自動重疊區和菌落測定，重疊區域用黃色虛線突出顯示，使用PIXL的中心性選項，篩選中心菌落，較小的、非中心的菌落被檢測出來并用藍色圈標注。]
P-ZOI輸出的數據和圖片，可供用戶分析數據和發表文章使用（圖3)，導出的數據包含特征參數的定量測量，如菌落和ZOI大小以及與其他特征，這些指標使用戶能夠進行統計分析，比較實驗結果，并從他們的數據中獲得有價值的信息。
與這些數據表一起，PIXL生成帶注釋的圖像，這些圖像可以與數據表交叉引用，注釋后的圖像可以導出，根據需要顯示或隱藏菌落的ID、ZOI的ID或ZOI半徑，這些圖像作為視覺參考，促進結果共享和驗證，并實現數據可追溯性，未注釋的圖像也可以導出，允許用戶在第三方軟件中進行自己的分析或注釋。
[圖3:P-ZOI導出數據用于下游應用，PIXL自動生成的帶注釋的ZOI板，圖像中的標簽對應于導出的表，其中包含可檢測特征的測量值。]
使用PIXL挑取抑菌圈內的菌落
PIXL為研究人員提供了一種實用而有效的解決方案，可以選擇生長在抑菌圈內的菌落，并將它們轉移到不同的平板上進行進一步的實驗。
使用PIXL，用戶可以靈活地在抑菌圈內挑選菌落并將其轉移到各種板格式，包括瓊脂板、含有培養基或測定試劑的多孔或深孔板、或PCR板。
PIXL可靠地執行ZOI工作流程并簡化下游應用程序
由于區域形狀不規則，工具菌涂層和抑菌圈邊界之間存在生長漸變，人工測量ZOI半徑可能存在主觀估測，因此不同用戶在手動測量ZOI半徑方面存在顯著差異，標準差(SD)為0.5 mm。超過80%的PIXL的半徑測量值在人工確定的平均半徑的2 SD以內，PIXL的輸出和人工測量值之間高度相似。
在ZOI工作流程中使用PIXL的一個重要好處是數據的存儲和可追溯性，PIXL存儲所有生成的數據，使研究人員能夠輕松地追溯測量到特定區域或特定板上的菌落，該特性增強了數據管理，促進了結果驗證和再現性，此外，PIXL的數據導出功能包括各種不容易用手動方法測量的指標，例如菌落和抑菌圈顏色、亮度、圓度以及與其他抑菌圈的重疊，這些全面的數據為用戶提供了更多的機會來深入了解平板上微生物之間的相互作用。
使用PIXL執行ZOI工作流程的一個關鍵優勢是，具有抑菌圈的菌落的下游處理通過自動挑菌變得更容易，PIXL精確地確定抑菌圈內菌落的位置，在默認條件下定位精度為0.13 mm(±0.05 SD)，這種精度使PIXL能夠精確地挑選菌落并將它們轉移到下游應用的新板上，通過自動化菌落挑選過程，PIXL節省了研究人員的時間和精力，并消除了人為錯誤的機會。
應用
PIXL ZOI模式具有廣泛應用的潛力。
- 抗菌化合物發現工作流程
可以根據測量的菌落性質和抑制區(例如ZOI大小)對這些菌落進行優先排序，使用PIXL來挑選感興趣的菌落進行下游處理，以加速對感興趣的目標具有抗菌活性的微生物菌株的表征。
- 合成生物學和代謝工程工作流程
- 微生物生態學工作流程
標簽：
挑菌/接種/復制
Copyright(C) 1998-2025 生物器材網 電話：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com