外泌體環狀RNA作為結腸ai分子標志物的實例應用
文章導讀
如今想要短平快靠單純測序+驗證發表一篇5分左右文章，光靠一個熱點環狀RNA還不夠，環狀RNA+外泌體，環狀RNA+m6A，環狀RNA+環狀DNA等方向都是可以去嘗試的。小編今 天以云序用戶以環狀RNA+外泌體作為研究方向的案例進行解析。
2020年6月18日云序用戶山大二院在Frontiers in Oncology (IF=4.85)上發表了一篇題目RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer的文章，該文章通過運用了云序生物外泌體全轉錄組測序探究了環狀RNA作為結腸ai分子標志物的可能性。
結腸ai（CRC）是第三大常見惡性腫 瘤，早期CRC患者存活率大 大高于晚期患者，腫 瘤的早期診斷對改善預后至關重要。近年來有許多研究發現，外泌體作為廣 泛存在于體液中的一種微囊泡，含有大量DNA、RNA和蛋白等分子，可以反應他們來源細胞的信息。許多ai細胞來源的外泌體內的分子具有成為ai癥分子標志物的潛力。這其中，環狀RNA由于其穩定性高，被作為多種ai癥的分子標志物研究過。在這篇文章中，作者通過對50個患者和50和健康人血清中外泌體環狀RNA的研究，提出了其中circ-PNN作為CRC診斷分子標志物的可能。
影響因子：4.85
發表時間：2020.6.18
實驗方法: 外泌體提取、鑒定、全轉錄組測序、circRNA-PCR、circRNA酶耐受、sanger測序（均由云序一站式提供）
文章鏈接：RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer
研究內容
1.環狀RNA表達譜
作者將50個CRC患者和50個正常人的血清樣品分別隨機分為5組均勻混樣，對混樣后的5v5個樣品進行了外泌體全轉錄組測序, 檢測到1924個環狀RNA, 來源基因在各染色體上均有分布，環狀大部分長度小于500nt。
2.CRC患者和健康人中環狀RNA的差異表達
接著作者篩選出了122個在CRC與健康人血清外泌體中差異表達的環狀RNA，其中100個明顯上調，22個明顯下調。其中65個為新發現的環狀RNA。
3.差異環狀RNA的功能預測
通過對環狀RNA來源基因的GO分析預測差異環狀RNA的功能，結果顯示上調的環狀的潛在功能富集在蛋白修飾和細胞對內源性刺激的反應相關功能，高爾基體相關功能和轉錄共激 活子活性相關功能。此外KEGG分析還找到了這些基因參與的4個相關通路。
4.血清外泌體的鑒定
對從血清中提取的外泌體，通過電鏡鑒定驗證了外泌體形態，NTA分析檢測了外泌體粒徑大小，WB驗證了外泌體標志蛋白CD9和TSG101。
5.Circ-PNN的生物學結構
作者通過qPCR驗證了circ-PNN的差異表達，并對PCR產物進行Sanger測序驗證了環狀反式剪切位點的序列，并驗證了發散引物僅能對環狀RNA逆轉錄的cDNA成功擴增，而對基因組DNA擴增無效。酶耐受實驗證實了circ-PNN比對應的PNN線性mRNA更穩定。
6.標志物circRNA分子的驗證
作者擴大樣本在88個CRC患者和88個健康人的血清外泌體RNA中，通過qPCR驗證了circ-PNN的差異表達。通過ROC曲線分析對circ-PNN作為診斷標志物的潛力進行了研究。結果顯示circ-PNN的差異表達與CRC相關，可能作為早期CRC但不是淋巴轉移期的診斷標志物。
7.CircRNA-miRNA-mRNA網絡預測和分析
本文作者通過外泌體全轉錄組測序、qPCR和Sanger測序的手段，展示了CRC中circRNA的表達譜，篩選了差異表達的circRNA，驗證了其中circ-PNN的差異表達和序列，并在大量樣本中驗證了circ-PNN的差異表達，通過ROC分析了其作為早期CRC診斷分子標志物的可能。通過circ-PNN與miRNA共表達分析也為后續研究外泌體circ-PNN在CRC發病過程中的作用提供了線索。
上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd.
地址：上海市松江區莘磚公路 518 號 20 號樓 3 樓
電話：021-64878766
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網址：www.cloud-seq.com.cn
郵箱：market@cloud-seq.com.cn
如今想要短平快靠單純測序+驗證發表一篇5分左右文章，光靠一個熱點環狀RNA還不夠，環狀RNA+外泌體，環狀RNA+m6A，環狀RNA+環狀DNA等方向都是可以去嘗試的。小編今 天以云序用戶以環狀RNA+外泌體作為研究方向的案例進行解析。
2020年6月18日云序用戶山大二院在Frontiers in Oncology (IF=4.85)上發表了一篇題目RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer的文章，該文章通過運用了云序生物外泌體全轉錄組測序探究了環狀RNA作為結腸ai分子標志物的可能性。
結腸ai（CRC）是第三大常見惡性腫 瘤，早期CRC患者存活率大 大高于晚期患者，腫 瘤的早期診斷對改善預后至關重要。近年來有許多研究發現，外泌體作為廣 泛存在于體液中的一種微囊泡，含有大量DNA、RNA和蛋白等分子，可以反應他們來源細胞的信息。許多ai細胞來源的外泌體內的分子具有成為ai癥分子標志物的潛力。這其中，環狀RNA由于其穩定性高，被作為多種ai癥的分子標志物研究過。在這篇文章中，作者通過對50個患者和50和健康人血清中外泌體環狀RNA的研究，提出了其中circ-PNN作為CRC診斷分子標志物的可能。
影響因子：4.85
發表時間：2020.6.18
實驗方法: 外泌體提取、鑒定、全轉錄組測序、circRNA-PCR、circRNA酶耐受、sanger測序（均由云序一站式提供）
文章鏈接：RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer
研究內容
1.環狀RNA表達譜
作者將50個CRC患者和50個正常人的血清樣品分別隨機分為5組均勻混樣，對混樣后的5v5個樣品進行了外泌體全轉錄組測序, 檢測到1924個環狀RNA, 來源基因在各染色體上均有分布，環狀大部分長度小于500nt。
接著作者篩選出了122個在CRC與健康人血清外泌體中差異表達的環狀RNA，其中100個明顯上調，22個明顯下調。其中65個為新發現的環狀RNA。
通過對環狀RNA來源基因的GO分析預測差異環狀RNA的功能，結果顯示上調的環狀的潛在功能富集在蛋白修飾和細胞對內源性刺激的反應相關功能，高爾基體相關功能和轉錄共激 活子活性相關功能。此外KEGG分析還找到了這些基因參與的4個相關通路。
對從血清中提取的外泌體，通過電鏡鑒定驗證了外泌體形態，NTA分析檢測了外泌體粒徑大小，WB驗證了外泌體標志蛋白CD9和TSG101。
作者通過qPCR驗證了circ-PNN的差異表達，并對PCR產物進行Sanger測序驗證了環狀反式剪切位點的序列，并驗證了發散引物僅能對環狀RNA逆轉錄的cDNA成功擴增，而對基因組DNA擴增無效。酶耐受實驗證實了circ-PNN比對應的PNN線性mRNA更穩定。
作者擴大樣本在88個CRC患者和88個健康人的血清外泌體RNA中，通過qPCR驗證了circ-PNN的差異表達。通過ROC曲線分析對circ-PNN作為診斷標志物的潛力進行了研究。結果顯示circ-PNN的差異表達與CRC相關，可能作為早期CRC但不是淋巴轉移期的診斷標志物。
作者建立了circRNA-miRNA-mRNA網絡，預測circ-PNN可能作用的靶基因，并通過qPCR驗證了其中3個miRNA與circ-PNN的相關性。對靶基因的預測為未來研究circ-PNN影響CRC腫 瘤形成提供了方向。
本文作者通過外泌體全轉錄組測序、qPCR和Sanger測序的手段，展示了CRC中circRNA的表達譜，篩選了差異表達的circRNA，驗證了其中circ-PNN的差異表達和序列，并在大量樣本中驗證了circ-PNN的差異表達，通過ROC分析了其作為早期CRC診斷分子標志物的可能。通過circ-PNN與miRNA共表達分析也為后續研究外泌體circ-PNN在CRC發病過程中的作用提供了線索。
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