高GC含量PCR樣本的擴增困難與防止污染與降解的操作方法
瀏覽次數:5351 發布日期:2020-5-26
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每天做實驗小心翼翼,時時擔心提取的DNA被污染、被降解。終于,廢了九牛二虎之力,好不容易提取到高質量的DNA,然而PCR仍然P不出來條帶。是試劑加漏了嗎?是酶失活了嗎?換上新試劑,冰上重來一次,然并卵,不僅P不出來,更重要的是也不知道為啥P不出來,貝多芬都彈不出我的悲傷!
算了,悲傷往事不再提,今天小編就總結教訓,帶你啃一啃PCR的這個硬骨頭吧!PCR擴增不出來條帶的原因有很多,諸如引物設計有誤,DNA模板已降解,酶失活或者有雜酶污染,緩沖液條件不當,模板DNA的GC含量太高等等。大部分原因可以通過換試劑得到解決,但是對于高GC含量的樣本,往往束手無策。
在DNA(A、T、C、G)4種堿基中,鳥嘌呤(G)和胞嘧啶(C)所占的比率稱為GC含量。因為G、C之間形成三對氫鍵,解鏈所需能量較高,所以模板很難打開,高GC含量(G+C≥60%)模板擴增中所面臨的主要困難是模板中容易形成穩定的二級結構妨礙DNA聚合酶在模板上的推進,而且模板上可能存在多個非特異性的引物復性位點,導致非特異性擴增,甚至很多時候擴增不出靶基因。高GC含量的DNA序列廣泛存在于不同物種的基因組中。人類高GC含量的DNA序列雖然只占了全基因組的3%,但有28%的基因位于這些區域內。此外,包括啟動子和增強子在內的許多基因重要調控區域也大都由高GC含量的DNA序列組成。
目前,研究學者建立了各種不同的方法來解決高GC含量DNA模板擴增困難的問題,包括降落PCR、添加增強劑(如DMSO)等。雖然這些方法和手段的單獨使用都獲得了一定的效果,但是對于引物和模板的要求普遍過于苛刻,適用范圍也比較局限,并不具有普遍適用性,而且往往經過多次摸索和嘗試,也不易得到較好的結果。
所以您還在為高GC含量PCR煩惱嗎?您還在為擴增不出來結果而焦心嗎?PCR試劑領軍品牌Solis BioDyne可以為您輕松解決這個難題,可同時提供適合高GC含量PCR的預混液以及添加劑:
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