蠟狀芽孢桿菌是桿狀的革蘭氏陽性細菌，會引起食物中毒和其它疾病，例如角膜炎。蠟狀芽孢桿菌可在從4°C到37°C的廣泛溫度范圍內生長。實際上，蠟狀芽孢桿菌引起的許多食源性疾病是由于未正確烹飪或未正確存儲的食品（包括乳制品和肉類）造成的。引起的大多數食物中毒可分為兩種癥狀：催吐型和腹瀉型，這兩種癥狀都是由細菌產生的腸毒素引起的。

衣原體的病原體——沙眼衣原體——革蘭氏陰性細菌。細菌的傳播是通過與被感染的體液接觸而發生的，然后感染粘膜。可以在懷孕期間從母體傳播給孩子，并感染引起結膜炎。女性卵巢，輸卵管或子宮的感染會引起盆腔炎（PID），這可能導致受孕困難，異位妊娠或不孕風險增加。男性感染導致尿道炎，附睪炎和前列腺炎，如果不及時治療，最終可能導致不育。

淋病奈瑟氏球菌是革蘭氏陰性菌。通常成對感染人類細胞。它具有大約1Mbp的環狀DNA基因組，可編碼2000多個基因。淋病奈瑟氏球菌是通過性接觸傳播的，通常會感染男性尿道粘膜細胞或女性的子宮頸和尿道。在感染期間，細菌會釋放出多糖，刺激宿主細胞產生引起炎癥反應的腫瘤壞死因子。感染引起的男性并發癥可能導致前列腺炎或睪丸炎。女性可導致輸卵管炎或卵巢炎，其中任何一種感染都可能導致不育。

艱難梭菌是桿狀的革蘭氏陽性細菌。它是抗生素相關性腹瀉和偽膜性結腸炎的主要病因。艱難梭菌對腸道的定殖通常與抗生素應用導致的天然腸道菌群的消除有關。盡管艱難梭菌感染可能很嚴重且威脅生命，特別是在老年人中，但由于許多患者無癥狀，因此在暴發期間難以診斷。檢測艱難梭菌感染的傳統方法是通過對細菌產生毒素的細胞毒性測試，但是這種方案通常需要很長的時間才能得出結論。

大腸桿菌O157：H7是桿狀革蘭氏陰性細菌。它是普通大腸桿菌的腸出血性菌株，O157：H7菌株感染通常與出血性結腸炎有關。大腸桿菌O157：H7被其體細胞（細胞壁） 抗原（O157）和鞭毛抗原（H7）識別。已知大腸桿菌O157：H7會產生類似志賀氏樣的毒素，會引起嚴重的癥狀。盡管大多數患者可以從感染中恢復過來，但多達15％的患者可能會發展為溶血性尿毒癥綜合征，這是一種致命的腎衰竭。大腸桿菌O157：H7的感染通常是由于食用了準備不足的食物而引起的，包括未煮熟的肉，未經處理的水或未經巴氏消毒的生乳。

結核分枝桿菌是肺結核的病原體。結核病是一種多方面的疾病，在工業化國家和發展中國家都是具有挑戰性的公共衛生問題。根據世界衛生組織的數據，每年診斷出880萬結核病例，其中近200萬人死亡。曾經被認為可以控制甚至接近滅絕的結核病，感染水平正在上升，而新的惡性的耐藥性菌株加劇了這一威脅。最令人關注的是，缺乏及時準確的診斷結核分枝桿菌疾病的方法。早期診斷對于預防此類疾病進一步傳播至關重要。

金黃色葡萄球菌通常被認為是奶牛群中傳染性乳腺炎的最常見原因。據估計，高達90％的奶牛場都存在金黃色葡萄球菌感染，造成了奶業經濟損失的35％。金黃色葡萄球菌是兼性厭氧的革蘭氏陽性細菌。大多數金黃色葡萄球菌菌株是過氧化氫酶陽性和凝固酶陽性的，這構成了傳統鑒定方法的基礎。

霍亂弧菌是一種逗號形的革蘭氏陰性細菌。它是人類霍亂的病因，會影響小腸上部。疾病的傳播主要是通過受污染的食物或水。受霍亂影響的人表現出嚴重的水樣腹瀉和嘔吐，這是由細菌產生的霍亂毒素引起的。霍亂的許多病例都危及生命，因為腹瀉和嘔吐會導致快速脫水和電解質流失。即使對其流行病學進行了廣泛的研究，霍亂在世界范圍內仍每年影響超過500萬人。

新型隱球菌是一種包在莢膜內的酵母。新型隱球菌的感染被稱為隱球菌病，是免疫系統較弱的患者（特別是晚期HIV / AIDS）中最常見威脅生命的腦膜炎病因。新型隱球菌在世界各地的土壤中普遍存在。吸入新霧化孢子會感染新型隱球菌。新型隱球菌從肺通過血行性傳播到中樞神經系統，導致腦膜炎。盡管發達國家使用抗逆轉錄病毒療法減少了隱球菌病的發生，但它在發展中國家仍是一個主要問題，并且是HIV / AIDS患者死亡的主要原因之一。治療隱球菌病的主要挑戰之一是許多隱球菌性中樞神經系統疾病患者在隱球菌性肺炎方面無癥狀，因此難以早期發現。

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