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STR鑒定報(bào)告看不懂,希爾博士來(lái)解憂

瀏覽次數(shù):6482 發(fā)布日期:2019-12-5  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
STR是什么意思?
STR(Short Tandem Repeats,短串聯(lián)重復(fù)序列)分析已被國(guó)際細(xì)胞系鑒定協(xié)會(huì)(ICLAC:International Cell Line Authentication Committee )、ATCC、NIST(美國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)局)等權(quán)威機(jī)構(gòu)作為金標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)用于細(xì)胞鑒定。由于目前使用錯(cuò)誤細(xì)胞情況非常嚴(yán)重,越來(lái)越多的雜志要求在投稿時(shí)提供細(xì)胞STR鑒定報(bào)告。

今天就來(lái)分享STR的鑒定報(bào)告如何解讀?
1.STR檢測(cè)流程
首先了解下STR檢測(cè)流程,先提取細(xì)胞DNA, 然后進(jìn)行PCR擴(kuò)增及測(cè)序,最后進(jìn)行結(jié)果分析。詳細(xì)檢測(cè)流程請(qǐng)看下圖:

 ▲圖1 STR檢測(cè)流程
* Dr.Cell 采用的細(xì)胞STR鑒定方法完全符合美國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)局(NIST)頒布的細(xì)胞鑒定標(biāo)準(zhǔn)-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中國(guó)CMA認(rèn)證與司法鑒定許可的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行檢測(cè)。
2.STR位點(diǎn)基因分型結(jié)果
完整的細(xì)胞STR檢測(cè)報(bào)告請(qǐng)查閱(STR Report-Sample),報(bào)告上會(huì)列出受檢細(xì)胞系STR基因分型結(jié)果附表(圖2),表格中將列出所有實(shí)際檢測(cè)位點(diǎn)信息。第2列“Sample”為樣本檢測(cè)得到的STR位點(diǎn)信息, 該結(jié)果是根據(jù)實(shí)際PCR擴(kuò)增后檢測(cè)到的片段長(zhǎng)度得到的數(shù)據(jù)信息。第3列為ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫(kù)中標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞STR位點(diǎn)信息。數(shù)據(jù)庫(kù)中常規(guī)提供9個(gè)位點(diǎn)信息,即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。

▲圖2 STR基因分型結(jié)果
STR位點(diǎn)基因分型結(jié)果峰圖:
在報(bào)告中會(huì)給出受檢細(xì)胞系的STR檢測(cè)結(jié)果峰圖(圖3),該峰圖是實(shí)際PCR擴(kuò)增后檢測(cè)到的片段長(zhǎng)度和分型信息。位點(diǎn)信息與表1(圖2)相同。
▲圖3 STR基因分型結(jié)果峰圖
*STR: 短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats,STR)也稱(chēng)微衛(wèi)星DNA(microsatellite DNA), 通常是基因組中由1~6個(gè)堿基單元組成的一段DNA重復(fù)序列,由于核心單位重復(fù)數(shù)目在個(gè)體間呈高度變異性并且數(shù)量豐富,構(gòu)成了STR基因座的遺傳多態(tài)性

▲圖4 STR 短串聯(lián)重復(fù)序列

* 純合子:Homozygote,指同源染色體在同一基因位點(diǎn)上的兩個(gè)等位基因相同。即顯示單個(gè)峰。

* 雜合子:Heterozygote,指同源染色體在同一基因位點(diǎn)上的兩個(gè)等位基因不相同。即顯示2個(gè)峰。


▲圖5 STR位點(diǎn)峰圖

人源正常組織細(xì)胞其STR圖譜,一個(gè)基因位點(diǎn)僅出現(xiàn)一個(gè)或2個(gè)峰(更多信息請(qǐng)查閱短串聯(lián)重復(fù)序列 (STR, short tandem repeats) )。如發(fā)生細(xì)胞交叉污染現(xiàn)象,基因位點(diǎn)會(huì)出現(xiàn)多等位基因,即一個(gè)基因位點(diǎn)出現(xiàn)3或4個(gè)峰(圖6)。當(dāng)然,也不能排除可能為三倍體等多倍體突變現(xiàn)象。

▲圖6 多等位基因峰圖
3.STR位點(diǎn)基因分型結(jié)果比對(duì)
根據(jù)鑒定得到的細(xì)胞STR位點(diǎn)信息在ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行比對(duì),進(jìn)入ATCC STR數(shù)據(jù)庫(kù)頁(yè)面https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx )輸入檢測(cè)細(xì)胞的9個(gè)STR位點(diǎn)信息,與ATCC數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行對(duì)比。
▲圖7 ATCC 數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)

輸入信息后給出比對(duì)結(jié)果(圖8)



▲圖8 ATCC數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果
同樣在DMSZ數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行數(shù)據(jù)比對(duì),得到匹配結(jié)果。

▲圖9 DSMZ數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果
比對(duì)結(jié)果中"%Match"(ATCC, 圖8)及 "EV" (DSMZ, 圖9)列是受檢細(xì)胞的9個(gè)STR位點(diǎn)基因分型數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫(kù)中細(xì)胞的匹配度。

人源細(xì)胞STR鑒定結(jié)果判定標(biāo)準(zhǔn):

受檢細(xì)胞STR位點(diǎn)的基因分型數(shù)據(jù)與其對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系(其原始組織或衍生細(xì)胞系)STR基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì):

1)若兩者的匹配度≥80%,則判定受檢細(xì)胞系為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系或?yàn)闃?biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系的衍生細(xì)胞系。

2)若兩者的匹配度在56%-80%之間,建議結(jié)合細(xì)胞系形態(tài)、細(xì)胞系特異性標(biāo)記物等輔助分析進(jìn)行綜合判斷。

3)若兩者的匹配度≤56%,則判定受檢細(xì)胞樣本與其對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系不相關(guān)。
 


參考文獻(xiàn):

1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.

2. Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK144066/

發(fā)布者:上海逍鵬生物科技有限公司
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