影響因子高達7.8分的直腸癌轉移肝癌環狀RNA文章思路解析
云序客戶發表首篇直腸癌轉移肝癌環狀RNA文章，影響因子高達7.8分!
文章導讀：
在非編碼RNA的大家族中，環狀RNA是近年來繼microRNA和lncRNA之后又一個明星成員。因其3’-5’端成環，所以在生物體中具有穩定性高，不易被降解的特性。大部分環狀RNA通過直接或間接調控miRNA和靶基因參與海綿機制，現已有多篇文章報道該機制在疾病的發生發展過程中起至關重要的作用。另外，環狀RNA在疾病組織中通常差異性表達，因此，十分適合做為癌癥的分子標志物來研究。目前關于直腸癌轉移肝癌領域還沒有相關報道。本文通過環狀RNA測序手段，對比直腸癌患者（CRC）與直腸癌轉移為肝癌患者（CRC-m）組織樣本，成功構建了國內首個直腸癌轉移為肝癌的環狀RNA表達譜。通過擴大樣本量，證實兩個差異上調的環狀RNA，分別為circRNA_0001178和circRNA_0000826，它們具備作為分子標志物研究的臨床價值。最后，分別構建了環狀RNA-miRNA-mRNA網絡圖，直觀的展示了三者間潛在的關系。
相關信息：
期刊：Molecular Cancer
影響因子：7.8
服務內容：環狀RNA測序（云序生物提供）
發表時間：2019年1月
測序樣本：1. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：3 vs 3
驗證樣本：2. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：24 vs 16
文章內容：
1. 全轉錄組測序構建環狀RNA表達譜
作者通過高通量測序技術，分別檢測了CRC和CRC-m患者癌組織中環狀RNA的表達，共檢測到66,855個環狀RNA（差異倍數≥2倍，P值≤0.05），其中92個環狀RNA差異上調，21個環狀RNA差異下調。差異表達的環狀RNA，大多是外顯子成環的且可能具備編碼蛋白的能力。同時，它們除了在Y染色體上不分布以外，在其他染色體上都有分布。
期刊：Molecular Cancer
影響因子：7.8
服務內容：環狀RNA測序（云序生物提供）
發表時間：2019年1月
測序樣本：1. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：3 vs 3
驗證樣本：2. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：24 vs 16
文章內容：
1. 全轉錄組測序構建環狀RNA表達譜
作者通過高通量測序技術，分別檢測了CRC和CRC-m患者癌組織中環狀RNA的表達，共檢測到66,855個環狀RNA（差異倍數≥2倍，P值≤0.05），其中92個環狀RNA差異上調，21個環狀RNA差異下調。差異表達的環狀RNA，大多是外顯子成環的且可能具備編碼蛋白的能力。同時，它們除了在Y染色體上不分布以外，在其他染色體上都有分布。
2. 環狀RNA定量PCR驗證表達量
作者選取前4名差異上調的環狀RNA，擴大樣本至40例，進行環狀RNA定量PCR（云序生物提供），驗證結果與測序結果的趨勢一致，說明測序結果真實可靠。其中，2個環狀：circRNA_0001178和circRNA_0000826為差異高表達。ROC曲線證實這2個環狀的表達情況與臨床診斷結果關系密切，具有作為直腸癌轉移肝癌臨床診斷的潛力。
作者選取前4名差異上調的環狀RNA，擴大樣本至40例，進行環狀RNA定量PCR（云序生物提供），驗證結果與測序結果的趨勢一致，說明測序結果真實可靠。其中，2個環狀：circRNA_0001178和circRNA_0000826為差異高表達。ROC曲線證實這2個環狀的表達情況與臨床診斷結果關系密切，具有作為直腸癌轉移肝癌臨床診斷的潛力。
3. 構建環狀RNA-miRNA-mRNA網絡圖
通過Cytoscape軟件，作者對這兩個環狀分別構建了ceRNA網絡圖。首先，確定與circRNA_0001178或circRNA_0000826結合力最強的5個miRNA，接著預測與miRNA結合的靶基因，最后構建成ceRNA網絡圖。
通過Cytoscape軟件，作者對這兩個環狀分別構建了ceRNA網絡圖。首先，確定與circRNA_0001178或circRNA_0000826結合力最強的5個miRNA，接著預測與miRNA結合的靶基因，最后構建成ceRNA網絡圖。
總結：
總的來說，本篇文章首先對直腸癌轉移肝癌與直腸癌樣本進行測序，構建環狀RNA表達譜。從測序結果中篩選到4條表達差異最明顯的環狀RNA。通過對臨床樣本的低通量驗證，得到2條差異高表達的環狀RNA。最后，預測能夠與其結合的miRNA和靶基因，構建環狀RNA-miRNA-mRNA網絡圖。
全文鏈接：
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-018-0932-8
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總的來說，本篇文章首先對直腸癌轉移肝癌與直腸癌樣本進行測序，構建環狀RNA表達譜。從測序結果中篩選到4條表達差異最明顯的環狀RNA。通過對臨床樣本的低通量驗證，得到2條差異高表達的環狀RNA。最后，預測能夠與其結合的miRNA和靶基因，構建環狀RNA-miRNA-mRNA網絡圖。
全文鏈接：
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-018-0932-8
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