前言

又傳喜訊！近日，云序客戶中國醫學科學院放射醫學研究所的劉強團隊研究揭示了lncRNAs在小鼠空腸輻射后表達的變化，為研究lncRNAs在輻射致腸損傷中的作用提供了靶分子。該研究成果以“Analysis of changes to lncRNAs and their target mRNAs in murine jejunum after radiation treatment”為題發表在《J Cell Mol Med》（IF: 4.302）。如果您剛巧看過這篇文章，并且關注了我們前期公眾號的話，您一定會有種似曾相識的感覺，沒錯！前不久，該研究團隊就通過同樣的測序數據發表circRNAs表達譜的文章（Identification of Circular RNAs Altered in Mouse Jejuna After Radiation，IF：5.5），同樣出自劉強研究團隊，兩篇文章中的lncRNA和circRNA數據均出自云序生物提供的全轉錄組測序服務。真正體現了一次測序三套數據（circRNA lncRNA和mRNA），多項成果，超高性價比，短平快發表高分文章。

那么接下來，就讓我們通過兩篇文章的內容來看下全轉錄組測序的巧妙之處吧！

文章1：小鼠空腸輻射后lncRNA表達譜研究（IF 4.302）

研究內容：
1.輻射組和對照組lncRNA和mRNA表達譜變化，聚類圖顯示了組間和組內上下調的變化，維恩圖展示了輻照組和對照組lncRNA和mRNA重疊數量，火山圖顯示差異表達情況。

2.與對照組相比，輻照小鼠中lncRNA和mRNA的相對數量。直方圖顯示受輻射小鼠lncRNA和mRNA上調和下調數量，維恩圖則展示了lncRNA的靶基因預測，從而對lncRNA的功能進行定義。

3.差異lncRNA分子的qPCR驗證，對于一篇做譜的文章，差異lncRNA的結果驗證只需做到qPCR即可。

4.差異表達的lncRNA分子功能預測，GO和KEGG通路分析表明，預測的基因主要參與VEGF信號通路。

5.lncRNA-miRNA-mRNA調控網絡分析，找到發揮海綿機制作用的lncRNA，以及它所調控的靶基因。

文章2：小鼠空腸輻射后circRNA表達譜研究（IF 5.5）

1. 環狀RNA表達如何？差異表達的有哪些呢？

高質量的測序服務，專業的生信分析，云序生物讓環狀研究變得容易，這是一條廣告。高質量的測序技術對每一個環狀的表達都做到精準檢測，生信分析可視化從宏觀角度（染色體分布、成環位置）給出了所有對于放射處理后在小鼠空腸組織當中環狀RNA分子的表達情況。

在此基礎上，哪些環狀RNA分子發生了差異表達？在這里火山圖、Venn圖應有盡有。

2.差異環狀RNA分子的qPCR驗證，同上一篇一樣，qPCR驗證必不可少。

3.差異表達的環狀RNA分子功能預測，GO分析和Pathway分析作為功能預測當中必不可少的一部分也被涵蓋在本研究當中，包括結合、催化、細胞因子和細胞分泌等GO條目均發生富集。KEGG分析預測結果顯示差異環狀RNA的靶基因與MAPK信號通路相關（Cacna1e、Mras、Prkcb、Ptpn7），要知道最近的報道顯示EGF介導的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信號通路活化與腸道干細胞增值相關。

 

4.海綿機制預測ceRNA網絡圖。按照海綿機制的反式調控方式，該網絡中包括42個上調和48個下調的環狀RNA分子，以及預測相互結合的22個靶基因mRNA。

總結

通過對兩篇文章的對比，大家可以發現在新的領域，借助于新分子的高通量測序，是一個高效快速發文章的手段。作為轉錄組領域的新分子lncRNA和環狀RNA這兩年仍然是科研界文章和基金的寵兒。劉強老師團隊通過云序生物的全轉錄組測序真正實現了一次測序兩篇文章，累積影響因子約10分，實現了超高的性價比！看到這樣經濟實惠且無比高效的發文章策略，您是不是也心動了？那還不抓緊時間與我們聯系。

2019年的國自然申請在即，小編認為去年我們總結的3大熱點（RNA甲基化、外泌體、環狀RNA）仍然會是2019年的重磅熱點項目。感興趣的可以參考：

2018國自然研究熱點一：環狀RNA研究深度剖析

2018國自然研究熱點二：RNA甲基化研究深度剖析

2018國自然研究熱點三：外泌體研究深度剖析

全文鏈接

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6237565/ 

https://www.karger.com/Article/FullText/491652

封面素材來源：素材中國 

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