如何快速查找LncRNA序列
查找LncRNA序列的網(wǎng)站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC數(shù)據(jù)庫等。今天，小編就給大家講講如何通過LncRNA ID號(hào)查找LncRNA的序列。
一．根據(jù)LncRNA來源數(shù)據(jù)庫，進(jìn)入相應(yīng)鏈接。
1. Genebank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html
3. RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
4. UCSC：http://genome.ucsc.edu/
二．根據(jù)“gene_id”查看LncRNA在所屬數(shù)據(jù)庫的ID號(hào)。
1. Genbank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
紅框內(nèi)輸入gene_id號(hào)，點(diǎn)擊search。假設(shè)gene_id為AK009210。
點(diǎn)擊FASTA鍵，復(fù)制獲取序列。
2. Ensmbl：http://asia.ensembl.org/index.html
選擇物種類別，詳見Report-Sequence_Results-Supplementary（可選項(xiàng)）。紅框內(nèi)輸入gene_id號(hào)，點(diǎn)擊GO。假設(shè)gene_id為ENSMUSG00000099021。
轉(zhuǎn)到Genbank，復(fù)制獲取序列。
3. RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
紅框內(nèi)輸入gene_id號(hào)，點(diǎn)擊search。假設(shè)gene_id為C630043F03Rik。
點(diǎn)擊FASTA，獲取序列信息。
4. UCSC：http://genome.ucsc.edu/
Genomes下拉菜單選擇參考基因組，一般人類選擇hg19，鼠選擇mm10。
紅框內(nèi)輸入gene_id號(hào)，點(diǎn)擊search。假設(shè)gene_id為Ivns1abp，點(diǎn)擊go。
點(diǎn)擊下圖的紅框。
點(diǎn)擊下圖的紅框。
選擇mRNA，復(fù)制獲取序列信息。
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