斜紋夜蛾（Spodoptera litura, S. litura）是來源于印度的谷物類害蟲，屬鱗翅目類昆蟲，目前在多個國家都有廣泛的分布。核型多角體病毒（nucleopolyhedrovirus, NPV）可寄生于鱗翅目昆蟲的血、脂肪、氯管、皮肢等細胞的細胞核內發育，對其產生致命影響。然而由于缺乏參考基因組序列以及轉錄組數據，以致迄今為止，并未有關于斜紋夜蛾核型多角體病毒（SpltNPV）侵染斜紋夜蛾細胞時細胞內早期變化的報道。在農業生產上，對現代農業糧食安全也產生了較大的威脅。本研究中，研究者對18h侵染循環的宿主斜紋夜蛾細胞進行鏈特異性轉錄組測序（Strand-specific RNA sequencing, RNA-seq），序列拼接后得到99180個非重復序列。在整個侵染過程中，有超過2000個斜紋夜蛾基因被顯著性差異調控。在侵染6 小時后（hours post infection, hpi），病毒mRNA水平開始急劇增加，且該現象在剩余的侵染過程中一直存在。根據對表達基因變化的歸類分析，研究人員將目光聚焦在與脅迫反應、細胞凋亡、代謝酶、宿主細胞天然免疫系統相關的基因上。他們發現一小簇與宿主脅迫反應相關，尤其在6 hpi時發現的62個基因顯著性差異表達，分別包含了酶、配體、受體相關基因。在18hpi的時候發現，有104個功能基因在從0 hpi到18 hpi連續不斷的發生顯著的變化，其中包括3個SL221功能基因和81個病毒基因，例如：四次穿膜蛋白及iap 基因。這些對被桿狀病毒侵染早期階段的宿主調控基因的研究將為今后利用該病毒作為有效的殺蟲劑提供重要的依據。 該研究中連特異性轉錄組測序服務由上海伯豪生物技術有限公司提供。

重要結果

GO分析

COG注釋

火山圖及韋恩圖

差異表達基因GO分析

qRT-PCR驗證RNA-seq結果

小結

該研究讓我們很好的認識了SpltNPV-G2病毒侵染斜紋夜蛾后所產生的細胞反應，為今后更深入研究提供了潛在靶標。研究者的數據主要揭示了病毒侵染細胞早期，宿主細胞所產生的防御反應。廣義上來講，該研究為今后利用該病毒乃至其他桿狀病毒作為生物殺蟲劑或者生物醫學及生物技術應用提供了重要依據。

原文出處：
Qian Yu, Youhua Xiong, Jianliang Liu, Dongling Wen, Xiaohui Wu, Hanqi Yin. Transcriptome Analysis of the SL221 Cells at the Early Stage during Spodoptera litura Nucleopolyhedrovirus Infection. Plos One.2016.