文章題目：A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain
發表時間：2023.12
期刊名稱：Nature
影響因子：58.39
實驗平臺：10x單細胞測序；MERFISH數據集

01 研究概述

1.繪制小鼠全腦細胞類型圖譜

首先利用單細胞轉錄組分析（scRNA-seq）和單細胞核轉錄組分析（snRNA-seq）鑒定了小鼠大腦細胞類型，并結合MERFISH數據，根據空間位置及細胞類型將這些細胞分為7個鄰域，后續進行深入的分析。

Fig.1 小鼠全腦細胞類型圖譜

2. 小鼠大腦神經元空間分類

神經元細胞類型在全腦細胞類型中占很大比例，并具有高度的區域特異性。接下來對神經元細胞群進行深入分析，確定不同神經元細胞類型的區域特異性。結果共鑒定了6個神經元亞群的鄰域：（1）在大腦皮層結構（包括同皮質、海馬、嗅覺區等區域）形成一個獨特的大腦皮層-谷氨酸鄰域；（2）大腦皮層下衍生的 GABA 能（ γ-氨基丁.酸）神經元亞類；（3）來自整個下丘腦以及紋狀體樣杏仁核區域的HY-EA-Glut-GABA鄰域；（4）丘腦以及內側束（MH）和外側束（LH）的TH-EPI-Glut神經元鄰域；（5）中腦（MB）-后腦（HB）-谷氨酸-血清素-多巴胺神經領域；（6）MB-HB-CB-GABA，包含位于中腦、后腦和小腦的所有 GABA 能亞類。

Fig.2 神經元細胞轉錄組及空間分布特征

3. 非神經元和未成熟的神經元細胞類型分類空間分布特征

NN-IMN-GC鄰域包括5個非神經元細胞類型、4個未成熟神經元類型和4個顆粒細胞類型。在所有的非神經元細胞類型中，Astro-Epen類表現出最多樣化的空間模式。室管膜的五個亞類分布在整個大腦腦室的不同部位，表現出精細的空間特異性。VLMC類型表現出高度特異的空間和共定位模式。

Fig.3 非神經元和未成熟的神經元細胞類型分類空間分布特征

4. 大腦區域特定的細胞類型特征

最后，為了比較所有細胞類型轉錄組相似性和空間分布鄰近性的關系，使用腦組織MERFISH數據集，量化了所有細胞亞類的全腦空間分布模式。結果發現，所有神經元亞類局限于特定的腦區，而非神經元亞類在整個大腦分布更廣泛，并且轉錄組更相近的細胞類型在空間上彼此位于更近的位置。此外，不同區域細胞類型的數量與細胞數量沒有相關性，下丘腦、中腦和后腦區域包含最多的細胞聚類，并且在這些細胞類型較復雜的區域，每個區域內細胞類型之間的轉錄組更加相似，這表明這些區域的細胞類型層次化程度較低。

Fig.4 大腦區域特定的細胞類型特征

02 文章小結

本研究通過單細胞聯合空間技術，繪制了小鼠整個大腦空間細胞圖譜，并系統地分析了大腦中的神經元和非神經元細胞類型，確定了每種細胞類型的轉錄組和空間特異性之間的相關性。結果揭示了不同大腦區域細胞類型組織的獨特特征，特別是大腦背側和腹側部分的二分性。背側部分包含相對較少但高度分化的神經元類型，而腹側部分包含更多數量的神經元類型。總之，完整小鼠大腦空間細胞圖譜的繪制，為大腦相關研究建立了參考圖譜和理論依據。