Pippin Pulse脈沖場電泳系統
                               —高性價比的大分子DNA檢測設備
 

長讀長測序（又稱三代測序）、合成生物等諸多技術應用都涉及對超長DNA片段的分離與分析。普通的瓊脂糖凝膠電泳是借助瓊脂糖凝膠的分子篩作用，核酸片段因其分子量或分子形狀不同，電泳移動速度有差異而分離。然而這項技術一般只能分離10 kb以下的小分子DNA，更大的DNA分子用普通瓊脂糖凝膠電泳無法達到分離的目的，從而限制了染色體DNA的分離、大片段基因組文庫構建、生物物種鑒定、病原微生物基因分型、人類染色體內切酶物理圖譜分析等方面的研究。而脈沖電場技術通過切換凝膠內的電場方向，能夠驅使DNA分子在凝膠內前后方向來回運動，有效地降低大分子核酸片段的遷移速率，同時由于小分子核酸片段改變方向的速率要比大分子核酸片段快，因此通過脈沖場電泳技術，可以有效將大分子DNA片段進行分離和分析。
 

美國Sage Science公司的Pippin Pulse脈沖場電泳系統可對長達430kb的超長DNA片段進行高效的電泳分離，而且儀器體積小巧不占空間。用戶可通過PC端選擇預設程序（如下圖）或自定義程序進行大分子DNA片段的脈沖場凝膠電泳分離，程序可自定義使用戶的應用更加廣泛和靈活。
 

使用Pippin Pulse對大分子DNA進行電泳分離后的結果如下圖所示：

 

2020年發表在Nature Biotechnology上的一篇文獻中，研究人員對無角牛進行基因組測序組裝和表型分析。其中Pippin Pulse用于牛肝臟基因組提取后的質控以及打斷后（50kb）片段分布質控，隨后聯合Nanopore測序平臺進行文庫構建和下游測序分析。
 

文章鏈接：https://doi.org/10.1038/s41587-019-0266-0

 

2022年發表在預印本網站BioRxiv Preprint上的另外一篇文獻中，研究人員對存在于牛蠅體內的金黃色葡萄球菌引起牛皮膚病的致病機理進行研究。其中Pippin Pulse用于細菌基因組提取后、文庫制備前的片段分布質控，隨后聯合Illumina和Nanopore測序平臺進行文庫構建和下游測序分析。

文章鏈接：https://doi.org/10.1101/2022.03.11.483979