RNA免疫共沉淀測序 (RIP-seq) 技術介紹及案例分析
RIP-seq是將RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）與二代測序技術（NGS）相結合以研究細胞內RNA與蛋白互作的技術，RIP利用目標蛋白抗體把相應的RNA-蛋白復合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下來，然后經過富集和純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析。
RIP-seq對富集得到的RNA片段通過高通量測序，在全轉錄組范圍內對細胞內RNA與蛋白結合情況進行分析，揭示RNA分子與RBP互作（包括非編碼RNA與蛋白互作）。RIP-seq是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能更有效地發現miRNA的調控靶點。
應用領域：
技術路線：
分析內容：
送樣要求：
案例解析
SRSF6調控可變剪接促進腫瘤進展，為結直腸癌（CRC）提供治療靶點
SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer
設計：對311個CRC樣本、癌癥基因組圖譜和基因表達綜合數據庫（GEO）數據庫中SRSF6的表達進行全面分析。通過RIP-seq鑒定SRSF6調控的可變剪接（AS）及其結合位點，并通過凝膠遷移和微基因報告實驗進行驗證。
結果：SRSF6在CRC樣本中上調，并與不良預后相關，在體外和體內促進增殖和轉移。鑒定出SRSF6調控的AS靶標，并揭示SRSF6結合位點。SRSF6通過直接結合到其23號外顯子位點來調控ZO-1異常剪接，從而作為癌基因發揮作用。Indacaterol被鑒定為SRSF6抑制劑，以抑制CRC腫瘤發生。
結論：SRSF6通過調控AS介導促進CRC進展，Indacaterol通過靶向SRSF6被定位為抗腫瘤藥物。
RIP-seq鑒定SRSF6調控的AS事件和RNA結合motif
參考文獻：
Wan L, Yu W, Shen E, et alSRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer.Gut 2019;68:118-129.
RIP-seq對富集得到的RNA片段通過高通量測序，在全轉錄組范圍內對細胞內RNA與蛋白結合情況進行分析，揭示RNA分子與RBP互作（包括非編碼RNA與蛋白互作）。RIP-seq是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能更有效地發現miRNA的調控靶點。
應用領域：
- 全轉錄組范圍內揭示RNA分子與RBP互作
- RNA與靶蛋白相互作用的驗證
- RBP與mRNA的互作分析
- 全轉錄組覆蓋：可在全轉錄組范圍對蛋白結合位點進行篩選與鑒定
- 高靈敏度：每個樣本可獲得數百萬條的序列標簽，檢測轉錄本上更多的蛋白結合位點
- 高精確率：可獲得高水平的信噪比數據，準確區分真實事件與噪音
- 多種商品化抗體，高效支持實驗開展
技術路線：
分析內容：
送樣要求：
案例解析
SRSF6調控可變剪接促進腫瘤進展，為結直腸癌（CRC）提供治療靶點
SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer
設計：對311個CRC樣本、癌癥基因組圖譜和基因表達綜合數據庫（GEO）數據庫中SRSF6的表達進行全面分析。通過RIP-seq鑒定SRSF6調控的可變剪接（AS）及其結合位點，并通過凝膠遷移和微基因報告實驗進行驗證。
結果：SRSF6在CRC樣本中上調，并與不良預后相關，在體外和體內促進增殖和轉移。鑒定出SRSF6調控的AS靶標，并揭示SRSF6結合位點。SRSF6通過直接結合到其23號外顯子位點來調控ZO-1異常剪接，從而作為癌基因發揮作用。Indacaterol被鑒定為SRSF6抑制劑，以抑制CRC腫瘤發生。
結論：SRSF6通過調控AS介導促進CRC進展，Indacaterol通過靶向SRSF6被定位為抗腫瘤藥物。
RIP-seq鑒定SRSF6調控的AS事件和RNA結合motif
參考文獻：
Wan L, Yu W, Shen E, et alSRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer.Gut 2019;68:118-129.
標簽：
DNA甲基化
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