近年來(lái)，新型測(cè)序技術(shù)不斷更新發(fā)展。空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)已成為了繼單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)之后的另一個(gè)生物技術(shù)研究熱點(diǎn)。在2020年和2022年被Nature Methods 期刊評(píng)為值得關(guān)注的7大年度技術(shù)之一。2023年6月26日，世界經(jīng)濟(jì)論壇發(fā)布了《2023年十大新興技術(shù)報(bào)告》，空間組學(xué)技術(shù)被評(píng)選為未來(lái)最有潛力對(duì)世界產(chǎn)生極大影響的十大新興技術(shù)之一。

顯然，空間多組學(xué)時(shí)代已悄然到來(lái)，儼然成為生命科學(xué)領(lǐng)域的下一個(gè)風(fēng)口。

當(dāng)前，空間生物學(xué)有三大主流技術(shù)路線：

✅  NGS barcoding

代表：10x Genomics Visum

✅ ROI selection (Region of Interest，ROI)

代表：NanoString GeoMx® DSP

✅smFISH (Single molecular FISH)

代表：NanoString CosMx™ SMI

對(duì)于以上三大空間生物學(xué)主流研究平臺(tái)，哪個(gè)更適合你？

10x Genomics Visum

10x Genomics Visium于2019年商業(yè)化，沿用了其單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中的barcode標(biāo)記策略，將barcode標(biāo)簽以及探針整合到空間捕獲芯片上，利用不同位置的barcode信息差別實(shí)現(xiàn)空間定位。兼容新鮮樣本和-80℃凍存樣本。

2023年，10x Genomics Visum迎來(lái)了升級(jí)，10x Genomics Visum CytAssist問(wèn)世。對(duì)于FFPE樣本的檢測(cè)能力，是此次升級(jí)的一大亮點(diǎn)。通過(guò)對(duì)人和小鼠的基因進(jìn)行針對(duì)性的雙臂探針設(shè)計(jì)，不再要求樣本的RNA具有完整的polyA尾，使得FFPE樣本的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序成為可能，在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域極大的擴(kuò)充了樣本的選擇范圍。

2024年初，10x Genomics Visum HD正式發(fā)布。能夠?qū)⑷�轉(zhuǎn)錄組空間基因表達(dá)的能力與單細(xì)胞分辨率相結(jié)合，發(fā)現(xiàn)組織中微米級(jí)的獨(dú)特生物學(xué)見(jiàn)解。通過(guò)易于運(yùn)行、基于CytAssist的工作流程，獲得一流的數(shù)據(jù)質(zhì)量。

應(yīng)用案例：

1、全球首篇！10x Genomics FFPE空間轉(zhuǎn)錄組文章發(fā)表

2、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)在人類(lèi)疾病臨床研究中的應(yīng)用案例（上）

3、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)在人類(lèi)疾病臨床研究中的應(yīng)用案例（下）

4、空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究思路分享

NanoString GeoMx® DSP

GeoMx® DSP是NanoString于2019年推出的空間組學(xué)平臺(tái)。其與10x Visium最大的區(qū)別是其可以使用ROI圈選指定區(qū)域，并可檢測(cè)區(qū)域內(nèi)的RNA和蛋白。DSP針對(duì)RNA有全轉(zhuǎn)錄組研究產(chǎn)品（WTA）和專(zhuān)門(mén)針對(duì)腫瘤的產(chǎn)品（CTA）；其針對(duì)蛋白有很多的panel可以組合，包含腫瘤免疫方向和神經(jīng)方向，這對(duì)于關(guān)注蛋白的研究者又是不二之選。DSP不僅是腫瘤研究的利器，更可以通過(guò)靈活的ROI圈選想要研究的腫瘤微環(huán)境的某區(qū)域，實(shí)現(xiàn)腫瘤免疫微環(huán)境的探索。

應(yīng)用案例：

1、Nature【IF 69.504】DSP助力神經(jīng)膠質(zhì)瘤進(jìn)展研究

2、3篇高分文獻(xiàn)教你如何利用DSP空間多組學(xué)技術(shù)開(kāi)展腫瘤研究

3、DSP空間轉(zhuǎn)錄組+空間蛋白組：揭示非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）腫瘤內(nèi)異質(zhì)性并發(fā)掘空間分子標(biāo)志物

4、DSP助力揭示急性胃腸道移植物抗宿主病激素反應(yīng)相關(guān)空間組織生態(tài)位

NanoString CosMx™ SMI

在GeoMx® DSP之后，NanoString又發(fā)布了單細(xì)胞空間原位分子成像平臺(tái)CosMx™ SMI。該平臺(tái)結(jié)合了超高分辨率成像技術(shù)和多靶標(biāo)檢測(cè)能力，能夠?qū)�組織切片中1000種RNA和64種蛋白質(zhì)分子（2024年上半年可提升至6000個(gè)基因和120種蛋白）進(jìn)行單細(xì)胞和亞細(xì)胞分辨率的原位成像，支持研究人員實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)透徹的生物學(xué)解析。

超多靶標(biāo)的單細(xì)胞空間原位表達(dá)信息不僅可以實(shí)現(xiàn)精細(xì)的細(xì)胞分型，繪制單細(xì)胞空間圖譜，詳細(xì)展示細(xì)胞鄰域和組織微環(huán)境，同時(shí)還支持細(xì)胞配受體檢測(cè)，在真實(shí)的組織空間背景下推進(jìn)您對(duì)細(xì)胞間相互作用、細(xì)胞通訊和細(xì)胞狀態(tài)的深刻洞察。

應(yīng)用案例：

1、CosMx單細(xì)胞空間原位技術(shù)：助力解析炎癥性腸病中關(guān)鍵細(xì)胞亞型的空間異質(zhì)性

2、對(duì)新輔助TCHP治療響應(yīng)的HER2+乳腺癌空間蛋白質(zhì)組特征