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高活性高選擇性 PAK4 抑制劑的發現及其應用

瀏覽次數:851 發布日期:2023-3-17  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

   P21 活化蛋白激酶(p21-activated protein kinase, PAK)作為一類保守的絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,是 Rho 家族中的小 GTP 酶 CDC42 及 Rac1的效應蛋白,介導其下游信號通路的轉導。 PAK4 是 PAKs 中的一員,當 PAK4 表達異常時,細胞發生癌變。Wang C 等研究表明[1],PAK4 在肺癌、結腸癌、前列腺癌、胰腺癌和乳腺癌細胞中的表達含量遠遠高于正常細胞,對腫瘤的發生、發展、侵襲和遷移產生重要影響。因此,PAK4 抑制劑的開發是多種腫瘤治療行之有效的策略之一。

      Hao C 等[2], 基于藥物的結構,設計并合成了一系列氨基喹唑啉類 PAK4 抑制劑,同時對該系列化合物進行選擇性和藥代動力學性質優化,獲得了一個高活性高選擇性的 PAK4 抑制劑 31(CZh226)。它對 PAK4 的 Ki 值為 9 nM,對多種激酶表現出優秀的選擇性,其中對 PAK1 的 Ki 值為 3112 nM,選擇性差異達到了 346 倍。多種優秀的藥效和藥代動力學參數使得化合物 31 被選做先導化合物,進一步進行抗癌藥物的開發。(圖1)

圖1. 化合物 31 的結構式(圖片來源:《J. Med. Chem.》)

      研究者隨后探究了 PAK4 與化合物 31 的作用模式,共晶復合物結構顯示,化合物 31 的氨基吡唑與 Glu396 和 Leu398 形成氫鍵并相互作用,環丙基與 Met395 和Val335 形成了很強的疏水相互作用, NH 與 Asp458 的羧基形成氫鍵作用,Asp444 的羧基通過誘導分子的構象變化進而與 NH 形成靜電作用。而化合物 31 與 PKA1 的預測結合模式顯示,氨基酸殘基 Asp407 側鏈發生位移,從而難以與 NH 形成靜電作用。此外,化合物 31與 PKA4 對接打分優于其與 PKA1 的對接打分,這些結果與體外選擇性實驗結果一致。(圖2)

圖2. (A,C)PAK4 與化合物 31 的共晶結構(PDB:5XVG);

(B,D)PAK1與化合物31的預測結合模式(圖片來源:《J. Med. Chem.》)

     激酶譜實驗顯示,化合物 31 在 0.1 μM 和 1.0 μM 濃度下對多種激酶具有很好的選擇性。其中,在 0.1 μM 的篩選濃度下對 PAK4 產生超過80%的抑制(PAK4 IC50=0.0111 μM),這可能是由于化合物 31 與 PKA4 蛋白的 DFG 模塊在空間上可以更好的結合。(圖3)

圖3. 化合物 31 在 0.1 μM 和1.0 μM 下對 54 個激酶的選擇性(圖片來源:《J. Med. Chem.》

      通過細胞實驗進一步評價化合物 31 對 PAK4 的抑制作用。首先采用非小細胞肺癌細胞株 A549 來評價化合物的抗增殖作用。其次,采用 HEK-293 細胞(人類胚胎腎 293 細胞)和生長不依賴于 PAK4 的 NCI-H460 細胞株(人類大細胞肺癌細胞)來評價化合物的潛在脫靶效應。結果顯示,化合物 31 對 A549 細胞(圖 4A)具有中度的抗增殖活性,這一相對較低的細胞生長抑制活性結果表明,PAK4 可能不是這些癌細胞增殖的“驅動力”。隨后使用劃痕法和 Transwell 法評估化合物 31 對腫瘤細胞遷移和侵襲的影響,未給藥的 A549 細胞在劃痕后的 2天內,大部分的劃痕部位都被填滿了,而給予一定劑量的化合物 31 后則顯著抑制了傷口愈合(圖 4B)。這一結果表明化合物 31 可顯著抑制 A549 細胞遷移和侵襲(圖 4C)。與此相反,NCI-H460 和 HEK-293 細胞遷移和侵襲的減少并不明顯,這表明化合物 31 對細胞活性的抑制是通過抑制 PAK4 而產生的。(圖 4)

圖4. 化合物 31 通過抑制 PAK4 激酶活性調節下游信號通路來抑制 A549 的遷移和入侵

(圖片來源:《J. Med. Chem.》)

 

小M 的小思考

      PAK4 作為一種有潛力的藥物開發靶點,其抑制劑的開發為治療相關的癌癥提供了新思路。截至目前,PAK4 的抑制劑數量很少,且多數抑制劑的活性不理想。目前已經進入臨床階段的小分子抑制劑有 KPT-9274 和 PF-3758309,其具有良好的 PAK4 抑制效果和藥代動力學性質。本文發現了一個新型、強效高選擇性的 PAK4 抑制劑 31(CZh226),它通過抑制 PAK4 激酶活性,調節 PAK4 的下游信號通路,抑制了A549 腫瘤細胞的遷移和入侵,是一個有潛力的先導化合物,可用于進一步抗癌藥物的開發。

 

Reference:

[1] Wang C, et al. Oncogenic PAK4 regulatesSmad2/3 axis involving gastric tumorigenesis. Oncogene.2014 Jun 26;33(26):3473-84.

[2] Hao C,et al. Structure-Based Design of 6-Chloro-4-aminoquinazoline-2-carboxamideDerivatives as Potent and Selective p21-Activated Kinase 4 (PAK4) Inhibitors. J.Med. Chem., 2018, 61 (1), 265–285.

 

相關產品:

KPT-9274

KPT-9274 是有口服活性的 PAK4 /煙酰胺磷酸核糖基轉移酶 (Nampt) 抑制劑,IC50 值分別為小于 100 和 125 nM。

FRAX1036

FRAX1036 是一種 PAK抑制劑,對 PAK1,PAK2 和 PAK4 的 Ki 值分別為 23.3 nM,72.4 nM 和 2.4 μM。

PF-3758309

PF-3758309 是一種有效的 PAK 抑制劑,能夠抑制 PAK4 的活性,IC50 值為1.3 nM。

發布者:上海皓元生物醫藥科技有限公司
聯系電話:021-58955995
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