PAMP的特點為：
①PAMP代表分子結構，該結構只由微生物中的病原體所產生，非宿主產生，如革蘭陰性菌中的內毒素、革蘭陽性菌的肽聚糖（peptidoglycan）和脂胞壁酸（lipoteichoic acid，LTA），以及支原體的甘露聚糖、甲酰化肽和細菌DNA中的CpG等。提高天然免疫系統中模式受體對PAMP的識別有助于天然免疫系統準確區別自我分子和病原體相關分子結構。

②PAMP代表病原體中保守的分子模式，該結構是微生物生存所必需的，如青霉素抑制肽聚糖合成后，細菌就無法生存。和肽聚糖的結構被選擇下來一樣，在天然免疫的進化中，作為識別的靶位，宿主的這種策略可防止“逃避突變”的產生。

③PAMP是為大多數微生物所共有的結構，所有細菌均含有肽聚糖和脂蛋白，LPS（脂多糖，lipopolysaccharide）和LTA的一般模式各自為所有革蘭陰性（G^-）菌和革蘭陽性（G⁺）菌所共有，PAMP的特點是只準許非常有限的識別受體去識別多樣化的微生物。

④PAMP代表著病原體種類的“分子簽名（molecular sig-nature）”，如LPS代表G^-菌，LTA代表G⁺菌，脂阿拉伯甘露聚糖代表分枝桿菌，甘露聚糖代表支原體。對這些PAMP的識別，不僅顯示感染的存在，而且能夠提供侵入的病原體的類型，有利于宿主采取更有效的效應機制去應付病原體。

具體的PAMP分子有革蘭陰性菌中的內毒素、革蘭陽性菌的肽聚糖（peptidoglycan）和脂胞壁酸、細菌DNA中的CpG島以及支原體的甘露聚糖和甲酰化肽等。結核桿菌的脂阿拉伯甘露聚糖（lipoaramannan，LAM）、螺旋體的脂蛋白、支原體的甘露聚糖和脂蛋白以及自身病變或壞死組織和細胞所誘發的物質可以作為內源性配體，還有如熱休克蛋白90和熱休克蛋白60等。不同的配體模式識別方式缺乏病原體的特異性，針對病原體的共同保守結構，更有利于宿主發揮免疫效應，刺激特異性免疫應答。