在腎孟腎炎的發病機制中，細菌的毒力也有重要的作用。從腎盂腎炎患者尿液中分離出的人力更強，其表現為：該菌含有多量K（包膜）抗原；附著于尿路上皮細胞的能力（粘附性）更強；細菌表面具有纖毛，并借此粘附于尿路上皮細胞的相應受體上，可不隨尿流出體外；而在尿路定居感染。此外，有人將細菌的粘附性視為其毒性的重要因素。

在腎盂腎炎的感染中，以桿菌為主要致病菌，其菌體死亡和在繁殖期間釋放的內毒素也是不可忽視的致病因素。內毒素具有多種生物活性，它可損害動力工廠線粒體，使ATP產生減少，造成細胞供能不足，引起細胞水腫，加速了細胞自溶死亡。除其之外，內毒素還可以損傷溶酶體膜，影響微粒體的功能，使細胞利用氧過程被破壞，因此，腎盂腎炎發病過程中，內毒素是一個不可被忽視而不為臨床醫生重視的因素。近年來有關這方面的研究正日益增多。有學者報道，鱟試驗對判斷尿中革蘭氏陰性細菌感染有顯著的特異性，如對尿培養細菌數大于10⁵/ml的尿標本中，鱟試驗陽性率為87%，對革蘭氏陰性菌數大于10⁵/ml時，鱟試驗陽性為99%。腎盂腎炎過去在治療方面一直主張用抗生素配合其他治療，忽略了抗內毒素治療，并且腎盂腎炎在治療上療效長，病人往往不能堅持，易使疾病得不到徹底的治療，而轉變成慢性，從而損害腎功能。