近日,名為“Structural basis of transcription activation by Rob, a pleiotropic AraC/XylS family regulator”的研究文章見刊于Nucleic Acids Research, Volume 50, Issue 10, 10 June 2022, Pages 5974–5987,期刊IF=16.971,作者單位為南京中醫藥大學、中國科學院微生物研究所等。Genizer微射流高壓均質機應用于Rob蛋白的提取過程。
圖 耐藥菌轉錄調控因子Rob作用機制研究見刊Nucleic Acids Research
抗生素的濫用導致越來越多的細菌耐藥性產生,轉錄調控因子Rob 是一種典型的細菌AraC家族轉錄激活因子,調節涉及多種藥物耐藥性和應激反應的不同基因亞群。然而,它如何使細菌 RNA 聚合酶和啟動子 DNA 對環境刺激做出精細反應的潛在機制仍然未知。
本研究通過解析轉錄因子Rob的相關復合物結構,為Rob調節耐藥基因激活的分子機制提供了詳細的原理依據,揭示了一種耐藥菌轉錄調控機制,同時為耐藥菌新藥靶點發現提供了依據。
圖 轉錄因子Rob調控機制示意圖
本研究中首次獲得兩種依賴于 Rob 的轉錄激活復合物 (Rob-TAC) 的冷凍電鏡結構,包括大腸桿菌RNA 聚合酶 (RNAP)、Rob 調節的啟動子和具有替代構象的 Rob。這些結構表明,研究證明 Rob與 RNA聚合酶的C末端結構域、σ70R4結構域同時發生相互作用,闡明了此類作用力在細菌轉錄激活調控中的重要意義。除阻礙RNA聚合酶σ70R4結構域結合啟動子的-35元件外,酸性環(acidic loop)可輔助穩定Rob NTD與保守rob結合元件間的特異性相互作用。另外,配體對接和生化實驗分析表明,Rob CTD與普遍存在的Gyrl樣結構域具有高度結構相似性,可通過識別結合配體發生“別構調節”功能,進而促進Rob-TAC的形成。該研究的結構和生化數據首次揭示了 Rob 依賴性轉錄激活的詳細分子機制,并為理解其他 AraC/XylS 家族轉錄因子的調控作用機制提供了有利的證據。
圖 耐藥菌轉錄調控因子Rob作用機制研究文章摘要
圖 大腸桿菌Rob的轉錄激活復合物 (Rob-TAC) 結構示意圖
在Rob蛋白的純化過程中,Genizer微射流高壓均質機應用于蛋白的釋放,Genizer微射流高壓均質機通過高效物理作用裂解工程菌種,快速高效釋放表達蛋白的同時,高度模塊化的作用模塊設計+物料換熱器緊挨金剛石交互容腔出口的設計,使得Genizer微射流高壓均質機能夠快速裂解工程菌細胞,同時使得裂解混合物能夠快速進入物料換熱器進行降溫,極大的保存了蛋白原有構象和活性。在高活性蛋白等物質提取過程中Genizer微射流高壓均質機具有獨特優勢。
圖 Genizer微射流高壓均質機應用于Rob蛋白提取