說明：本文為讀者投稿，文章作者為利益相關方。
 

作為業內玩咖，今天看到了第一臺NextSeq 2000入駐客戶實驗室，畫面頗有宜家質感。隔著屏幕，不能“開箱測評”，但昨天下午準點收看了illumina的新品云發布會現場錄播后，我決定為大家帶來一場“云測評”——臺式測序儀的機皇之戰：MGISEQ-2000 vs NextSeq 2000。
 

 
相對MGISEQ-2000而言，NextSeq 2000更加小巧精致，但僅支持單載片運行，提供兩種載片規格：P2流動槽（400M reads）和P3流動槽(1000M reads)。每種流動槽可提供3種讀長模式：100循環、200循環和300循環，所以在發布會上illumina提到的“兩款試劑，六重選擇”，就是指2種流動槽和3種讀長的組合選擇。 （順便diss下這張圖，P2和P3流動槽的reads數分別是400M和1000M，支持單次運行的最大樣本數應該是一小一大，這里出現了明顯的bug，不認真）
 
如果單拎出來比“多重選擇”的話， MGISEQ-2000完勝。兩點：
 
第一，MGISEQ-2000具備雙載片平臺，可支持兩張載片同時運行。這一點相當于“雙卡雙待全網通”。
 
第二，MGISEQ-2000同樣提供兩種規格的載片：小載片FCS（550M reads）和大載片FCL（1800M reads）。其中，大載片FCL還可以細分為StandardMPS版本和CoolMPS版本。不同規格的載片組合運行模式可以是1張小載片（FCS*1）或1張大載片（FCL*1），也可以是2張小載片（FCS*2）或2張大載片（FCL*2），還可以是1張小載片和1張大載片（FCS*1+FCL*1），根據樣本量情況靈活選擇，開機成本靈活可控。

 
同時，MGISEQ-2000提供6種讀長模式：SE50、SE100、PE100、PE150、SE400和PE200，折算為循環數是5種模式：50循環、100循環、200循環、300循環和400循環。如果按NextSeq 2000的宣傳邏輯（“兩款試劑，六重選擇”）來說，那么MGISEQ-2000就是“兩款試劑，25重選擇”（5種流動槽組合和5種循環數組合）。 當然選擇更多，并不一定就是好事。主要還得看“關鍵性能參數”是否處于“當打之年”。我們下面對兩個測序系統從數據產出、數據質量和運行時間這三個方面進行對比。
 
從單流動槽的通量設定來看（表3），NextSeq 2000和MGISEQ-2000的差距并不大，NextSeq 2000 P2流動槽（400M reads）對標MGISEQ-2000 FCS小載片（550M reads），P3流動槽（1000M reads）對標FCL大載片（1800M reads）。但由于MGISEQ-2000配備雙載片平臺，在400循環雙載片運行模式下（FCL*2，PE200），數據產出可達Tb級別(1440Gb=1.44Tb)，這一點是NextSeq 2000望塵莫及的。

由此可見，靈活的載片組合方式使得MGISEQ-2000擁有極高的通量靈活性（55Gb-1440Gb）。

• 臺式測序儀的機皇之爭，第一回合，在數據產出的峰值和靈活性等方面，MGISEQ-2000 勝。

     
僅從官方公布的Q30數值來看（表4），NextSeq 2000和MGISEQ-2000的數據質量基本相當。在云發布會上，illumina官方對NextSeq 2000數據質量的承諾是：與當前的NextSeq 550系統保持了相同的高標準。
  根據公開資料顯示（表5），MGISEQ-2000與NextSeq 550平臺標準品測試表現基本處于同一個水平，期待后續兩個平臺基于不同測序應用更全面的數據對比。

• 臺式測序儀的機皇之爭，第二回合，平。

  數據來源：華大智造微信公眾號
樣本來源：中檢院標準品HJ
文庫類型：WGS
測序平臺：MGISEQ-2000和NextSeq 550
   
從運行時間來看，這兩款機型的設定也非常接近，最短時間13小時。當然，在同一讀長模式下，NextSeq 2000會更快一些。但我們會發現，仍然是依托于雙載片平臺的優勢，使用MGISEQ-2000的2張小載片FCS同時運行與使用NextSeq 2000的P3流動槽所產出的數據量基本相當（1000M VS 550M×2），而此時在運行時間上，MGISEQ-2000 FCS卻重新占據了上風（見表6）。
 

• 臺式測序儀的機皇之爭，第三回合，平。

 
最后我們談一下兩家公司的商業思路。illumina在這次發布會上也提到：NextSeq 2000已在今年第一季度上市，可適配P2和P3兩種流動槽；NextSeq 1000 （僅適配P2流動槽）將在今年第四季度上市，NextSeq 1000可升級為 NextSeq 2000。這兩款產品跟MGI華大智造在2019年對MGISEQ-2000和MGISEQ-2000FAST的市場定位非常類似。
 
值得咂摸的是，如果現在推出的NextSeq 2000就已經可以適配P2和P3兩個流動槽，那為什么只需適配P2流動槽的NextSeq 1000要等到今年年底才能上市呢？
 
答案很簡單，因為P3流動槽要2020年底才可以發布啊，也就是說即使現在用戶購買了NextSeq2000目前也只有P2流動槽可以使用，沒有P3流動槽的NextSeq2000不就是“NextSeq1000”嗎？如果NextSeq1000和NextSeq2000同時在一季度開售，那么請問誰愿意先把125K美元（2款機器之間的售價之差）無息存在illumina一年？先買臺NextSeq1000，等P3流動槽發布在申請升級不就完了？

所以大家現在知道為啥NextSeq1000是2020年第四季度發布了吧？因為它的發售時間需要跟P3流動槽同步。

另外很多同學會問到那與NextSeq P2流動槽參數一樣的NextSeq500/550Dx機型（High-Output Flowcell 400M）怎么辦，這不產品體系之間有沖突嗎？這事你也甭操心，因為NextSeq550Dx預計今年就會獲得NMPA批準在中國上市了，所以你想做臨床診斷，你還得乖乖的買“老款”的NextSeq550Dx，畢竟NextSeq2000還只有科研版本，而且不出意外后面的P4流動槽面世之時，NextSeq2000將成為主打P3/P4流動槽的機型，這又跟NextSeq500/550Dx拉開“段位”了，完美。
 
來，我們再回顧一下文章開頭這圖，“One Day”不如“Today”的聲音在耳邊回蕩。  
總結，這次illumina發布的新品在用戶體驗上的表現還是非常可圈可點的。比如：機器全干式設計、集成式卡盒（illumina的iSeq100和MGI的DNBSEQ E均采用該類設計），又比如：機載二級分析工具DRAGEN Bio-IT，這些改進對于醫療機構終端用戶還是具有吸引力的，但是對于專業領域的B端商業用戶就仁者見仁、智者見智了，畢竟內置的DRAGEN Bio-IT還是一定程度上增加了儀器成本。
 
遙想2015，華大發布BGISEQ-500，很多人認為是跟illumina的NextSeq 500對標；2020，短短的5年之后，illumina發布全新的NextSeq 2000/1000，很多人認為在跟華大的MGISEQ-2000/FAST對標，不禁令人感慨國產測序儀的進步之快、能量之大。

總之，“我們正處在一個你追我趕、飛躍向前的建設熱潮中”。我們為此感到興奮不已。

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