DS解決方案——抗體人源化設計/基于胰島素肽的設計和篩選
通過Discovery Studio中的Antibody Modelling， Predict Humanizing Mutations模塊對鼠源抗體進行人源化。DS中的Predict Humanizing Mutations模塊會尋找人的Germline序列，對比各位點氨基酸在人源中出現的頻率給出相應的突變位點信息，結合抗體結構選擇相應氨基酸進行設計改造。
抗體人源化主要指異源單克隆抗體以基因克隆及DNA重組技術改造，重新表達的抗體，其大部分氨基酸序列為人源序列取代，基本保留親本單克隆抗體的親和力和特異性，又降低了其免疫源性，有利應用于人體。Discovery Studio中專門的抗體人源化模塊可以快速準確的進行異源抗體人源化的設計。本項目即通過DS中的Antibody Modelling， Predict Humanizing Mutations模塊對一條鼠源抗體進行人源化設計，共設計出9條人源化抗體，并通過實驗進行了驗證，結果如下： 
結果顯示通過DS設計出的9條人源化抗體中有6條親和力與親本鼠源單克隆抗體親和力保持一致，證明了通過DS進行抗體人源化的準確性。
DS 在多肽藥物領域的解決方案 基于胰島素肽的設計和篩選
通過Discovery Studio軟件設計指導了變構肽配體（Altered peptide ligands，APLs）用于治療I型糖尿病。
I型糖尿病在人類和非肥胖糖尿病小鼠中均是一種自身免疫系統缺陷的疾病，有研究表明其主要由于CD8+ T細胞介導的β細胞損傷，使之不能正常分泌胰島素。變構肽配體（Altered peptide ligands，APLs）可以有效抑制抗原-特異性T細胞失效，凋亡或轉移。因此開發有效的APLs用于I型糖尿病的治療很有必要。本文通過分子模擬技術對變構肽配體進行了設計和優化。
文章作者基于已知的變構肽配體與受體的復合物結構，首先通過Discovery Studio突變了復合物結構中的關鍵氨基酸殘基，確定了變構肽的關鍵改造位置，并設計了8個變構肽配體。然后結合DS_Loop refinement和分子動力學程序Standard Dynamics Cascade對8個變構肽配體的復合物進行了結構模擬和優化，并基于MM-PBSA方法預測了它們與受體之間的結合能，根據預測結果（表1）選擇其中四個肽進行了合成和生物活性測試，其中變構肽H6F活性較好。針對H6F進行了后續的試驗研究，試驗結果表明變構肽配體H6F有希望成為一個治療I類糖尿病的藥物。
