什么是鯉魚皰疹病毒?

鯉魚皰疹病毒3（CyHV-3）是一種295kb的雙鏈DNA病毒，是錦鯉皰疹病毒病（KHVD）的病原體。目前該病毒已經蔓延到全世界許多國家，并被公認為鯉魚和錦鯉養殖業的一個重要問題。它在錦鯉和鯉魚養殖中造成大量死亡，經常造成80%以上的損失。

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近日，研究人員發現將該病毒在細胞培養物中連續傳代后，病毒能夠通過突變體外進化，并可能導致毒力的喪失或增加。這一研究結果發表在知名期刊《Viruses》上（IF= 3.279）。

為了驗證這一假設，研究人員將CyHV-3 (KHV-T)分離株在鯉魚腦(CCB)細胞中進行99次傳代，通過感染鯉魚的方式進行傳代過程中病毒毒力的測定。結果顯示，經過78次CCB傳代后，病毒分離株的毒力明顯低于原株，進一步研究發現在其ORF150處有一個1363bp的缺失。

整合基因組觀察(IGV)截屏顯示了包含7個序列樣本大缺失的區域。每個水平軌跡對應于映射到KHVJ

參考基因組(AP008984)上的序列。白色區域表示沒有讀取，虛線表示刪除邊界。(P78 4次重復，P99 2次重復）

但這一現象在0次和第99次傳代中并未檢測到。針對這一現象作者用傳統PCR進行了驗證。

A圖 :PCR引物位置,1代表覆蓋整個ORF150引物，2代表缺失序列內設計的引物.

B圖 :檢測結果，1引物擴增片段長度為2593bp，2引物擴增長度為500bp；P0/P78/P99代表傳代次數.

但是由于常規illumina測序和PCR擴增可能會受到多種因素的影響，導致檢測結果有顯著誤差，特別是對于拷貝數非常低的序列的檢測。因此研究人員又通過新一代數字PCR對該結果進行了驗證。

用數字PCR技術定量分析缺失和正常的單倍型。(A)分析設計的示意圖；(B)預期的擴增產物大小；

（C-F）數字PCR檢測結果，紅色通道反映undeleted和deleted單倍型濃度，藍色通道代表undeleted單倍型濃度。

研究結果表明P78確實存在一個1363bp的缺失，并且這種缺失很可能與P78的毒力下降或衰減有關，也許會成為治療鯉魚皰疹病毒的潛在靶點，具體的機制仍有待進一步探。

該研究中應用的數字PCR檢測平臺為法國Stilla公司的Naica 數字PCR系統。該系統使用cutting-edge微流體創新型芯片——Sapphire芯片作為數字PCR過程的唯一耗材。樣品通過毛細通道網格以30,000個微滴的形式進入2D芯片中，PCR擴增實驗在芯片上實現。

該平臺擁有強大的圖像分析技術和直觀可視的檢測功能，從而達到了數字PCR定量卓越的置信水平，獲得的數據真實可信。并且該系統目前為市面上最簡單的數字PCR系統，也是首款可以實現3熒光通道檢測的數字PCR平臺。

目前，該產品已經廣泛應用于腫瘤學研究、NIPT研究、液態活檢、細胞治療質控、用藥及移植監控、致病微生物檢測、食品安全、環境檢測、核酸類標準物質定量等方面。

而且該研究中還用到由法國Stilla Technologies公司開發的Gene-π數字PCR技術交流平臺解讀實驗數據。Gene-π作為數字PCR學習交流平臺，為您全方位解讀數字PCR技術，更多數字PCR技術可登陸Gene-π數字PCR學堂http://www.cycloudbio.com/p/72.html查看。