根據生物安全防護水平的差異，生物安全柜可分為一級、二級和三級三種類型。一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。其氣流原理和實驗室通風櫥基本相同，不同之處在于排氣口安裝有HEPA 過濾器，將外排氣流過濾進而防止微生物氣溶膠擴散造成污染。一級生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流。

二級生物安全柜是目前應用最為廣泛的柜型。按照《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2011生物安全柜》中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4 個級別：A1 型，A2型，B1 型和B2 型。所有的二級生物安全柜都可提供工作人員、環境和產品的保護。

A1型安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.38m/s。70%氣體通過HEPA 過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。

A2型安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA 過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。

二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏出實驗室。其前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。

B1型70%氣體通過排氣口HEPA 過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA 過濾器再循環至工作區。

B2型為100%全排型安全柜，無內部循環氣流，可同時提供生物性和化學性的安全控制，可以操作揮發性化學品和揮發性核放射物作為添加劑的微生物實驗。

三級生物安全柜是為生物安全防護等級為4級實驗室而設計的，柜體完全氣密，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱(Golve box)，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗，如進行SARS、埃博拉病毒相關實驗等。過濾器是生物安全柜、超凈工作臺、通風柜等潔凈設備通風裝置的重要組成部分。ULPA超高效過濾器和HEPA高效過濾器這兩種空氣過濾器是專為去除氣流中絕大多數的極其小的顆粒污染物而設計的。這兩種過濾器可能在功能上是相似的，但二者的性能卻有著很大差異過濾器是生物安全柜、超凈工作臺、通風柜等潔凈設備通風裝置的重要組成部分。ULPA超高效過濾器和HEPA高效過濾器這兩種空氣過濾器是專為去除氣流中絕大多數的極其小的顆粒污染物而設計的。這兩種過濾器可能在功能上是相似的，但二者的性能卻有著很大差異

兩者最主要的區別在于截留效率不同，HEPA對0.3μm的微粒、煙霧和微生物等塵埃粒子的過濾效率達到99.97%以上；ULPA對0.1-0.2μm的微粒、煙霧和微生物等塵埃粒子的過濾效率達到99.999%以上，對0.3μm顆粒更是達到了99.9999%以上。