連鎖分析尋找QTL位點，是最經典的性狀定位方法。而遺傳圖譜的密度是限制定位精度的其中一個方面。目前，構建圖譜的方法已從基于傳統的SSR、AFLP等基于片段長度多態性的分子標記，過渡到了基于SNP芯片或NGS測序的SNP分子標記。NGS測序最常用的是簡化基因組測序和全基因組重測序，區別在于標記數量的多少。隨著測序價格的不斷降低，重測序高密度標記的優勢將更加明顯。本文介紹了伯豪客戶近期的一篇使用重測序（該研究中重測序服務由伯豪生物提供）構建圖譜進行QTL定位的文章。

研究背景

芝麻是重要的油籽作物，具有無限花序的特征，俗稱“芝麻開花節節高”。但是，這樣的性狀使種子不同時間成熟，極不利于作物收集，影響農產品質量。

技術路線  

研究結果

在此前的QTL定位研究中，使用構建的芝麻遺傳圖譜遠未達到飽和。這項研究使用了全基因組重測序策略，對兩種生長特征的親本和其F2群體構建了超高密度SNP遺傳圖譜，平均標記密度約0.98cM/bin或0.1cM/SNP，圖譜接近了飽和狀態。  
隨后，根據無限花序或有限花序的特征，在此圖譜上進行QTL連鎖定位，得到LG8染色體上18.0 cM-19.2 cM一段染色體區間。根據重測序數據對這一段區間進行突變位點檢測，發現了位于SiDt基因上的功能性變異G397A。接下來，作者在這段基因上設計了PCR引物，使用Sanger測序驗證了另一個dt品系的SiDt基因變異情況，發現SiDt基因在該品系中發生丟失。
為了探討SiDt基因可能的功能，作者研究了SiDt基因的表達情況。從圖4可以看出，SiDt基因主要在根部表達，但在花期階段，轉錄水平急劇下降，在莖尖的轉錄水平上升并接近根部。在短日照情況下（12h/12h），57d花期時突變型相對于野生型SiDt基因表達明顯降低。這說明，SiDt在花期時開始在莖尖出表達，且Dt和dt植株花期時有著明顯不同的表現，這可能最終影響了它們的表型。通過同源分析，SiDt基因和TFL1基因為直系同源，而TFL1與維持花序分生組織有關，這間接說明了該基因可能參與的功能。  

總結

作者使用了芝麻的無限（Dt）和有限花序（dt）親本，以及120個性狀分離的F2后代，通過全基因組重測序進行了遺傳圖譜構建和QTL定位。該遺傳圖譜基本達到飽和，可以提供精確的定位結果。使用重測序技術的方便之處，在于研究者可以根據連鎖定位得到的區段，在其中篩選可能的變異位點，直接進行蛋白功能層面的討論，這是其它方法無法做到的。

原文出處：
Zhang H, Miao H, Li C, et al. Ultra-dense SNP genetic map construction and identification of SiDt gene controlling the determinate growth habit in Sesamum indicum L.[J]. Scientific Reports, 2016.