許多凍干機帶有自動控制系統，并同時兼備有手動控制功能，但自動控制的方式上各制造廠之間有很大的差別，用戶必須弄清楚。

所謂凍干機的自動控制應該包括二個部分，一是凍干機的各設備按凍干工藝要求在規定的時間自動走停，二是凍干箱板層溫度按凍干曲線要求自動跟蹤，整個凍干進程不需要人工操作，當然如果需要也可進行人工干預。但有些凍干機的自動控制是不完全的，僅能自動跟蹤凍干曲線，其余部分需人工操作。

有些凍干機的自動控制僅能到凍干結束，凍干結束之后的箱內壓塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自動進行，需要人工操作，特別是蒸汽消毒部分，因涉及到許多閥門控制，人工操作比較麻煩，應該選擇自動消毒程序的凍干機。

有些凍干機的自動控制是使用專用微機，操作、編程方便，顯示的語言是凍干專用語言，還帶有熒光屏，打印機和軟盤，能同時儲存幾十個凍程序，每個程序內容可顯示，整個程序內容可由打印機打出。而有凍干機的自動控制使用的是一種儀表，操作、編程均較麻煩，可儲存的凍干程序也較少。

記錄儀表對凍機來說也是一個很重要的儀器，它能把整個凍干的實際過程真空地記錄下來，以便日后存查，記錄儀表大都采用多點記錄儀，它既能打點，又能直接進行文字記錄，還有數字顯示系統。

北京博醫康旗下的Pilot系列凍干機，采用了先進的閉環控制方式的自動控制系統。用戶可通過觸摸屏以及PLC（可編程序控制器）對凍干機進行自動化系統調整。同時，Pilot系列凍干機擁有多系列不同的機型，用戶可根據自己的具體情況，進行選購。