隨著高通量植物表型測量技術的快速發展,越來越多的研究人員和育種家開始采用這一新興的技術進行研究。
植物表型組學時代已經來臨!植物表型組學是一個跨學科的研究領域,它必須與基因組學、生物信息學、大數據計算相結合才能更好的為育種服務。
由國際植物表型組織(IPPN)、歐盟植物表型組織(EPPN)和德國植物表型組織(DPPN)聯合進行的一項調查表明,田間表型、數據管理、費用、根系表型、非生物脅迫、行業標準、技術限制、生物信息學、通量等是制約植物表型組學發展的主要問題。
這其中,田間表型(Field Phenotyping)被公認為是植物表型研究和植物表型組學發展所遇到的最大挑戰!
國際上第一個真正意義上的商業化高通量植物田間表型平臺是于2014年初在印度國際半干旱地區作物研究所(ICRISAT)投入正式運轉的FieldScan系統(視頻鏈接)。
印度國際半干旱地區作物研究所FieldScan系統配置有8個PlantEye傳感器,可以在16 m x 200 m范圍內對全自動高通量測量。目前該平臺每天重復測量10次,已經連續運轉了兩年多時間。
歐洲領先的植物和微生物科學研究中心——英國John Innes Center,即約翰英納斯中心(JIC)——也有一套田間高通量植物表型平臺FieldScan系統(視頻鏈接)。與印度國際半干旱地區作物研究所主要關注田間植物不同的是,約翰英納斯中心的FieldScan系統是對長在自然土壤里的農作物進行高通量表型測量。
而德國馬普學會分子植物生理研究所則將一套小型的FieldScan系統安裝到溫室中,用于馬鈴薯的高通量植物表型測量。
關于FieldScan系統
FieldScan系統是由大名鼎鼎的荷蘭PhenoSpex公司專為田間高通量植物表型測量設計的表型平臺,可在任何環境條件下全天候測量。
FieldScan的設計,采用植物激光三維掃描測量儀PlantEye作為核心,并集成了其它多種傳感器。PlantEye用于獲取植物生長情況。通過3D的頂部成像,不僅能獲得葉面積、葉傾角、冠層等參數,同時還能得到相對于其他技術更高的精度和通量。當然在需要時,也可以集成其他傳感器。(視頻鏈接)
在任何光照情況下,FieldScan都能在不影響植物本身生長的情況下,每天能對上萬株植物(取決于系統大小)進行10次重復測量,為用戶提供有價值的數據,方便了解植物在田間的生長情況。
FieldScan不僅可直接掃描種植在田間土壤的植物,同時還可掃描盆栽植物。在采用盆栽植物培養時,可根據壓力傳感器跟蹤每株植物的重量,計算其蒸騰速率。
設計理念——在高通量與準確性之間找到平衡
在現代植物研究與育種中,田間表型是表型組學最亟需發展的領域之一,一直面臨著各種挑戰。例如從全日照到夜間,溫度的巨大變化和降雨等外界環境不僅影響測量技術,同時對植物也可能產生很大的影響。因此,對測量技術來講,需要設定非常合理的信噪比以準確地獲取表型信息;同時也需要在有限的時間段里,高通量地獲取植物的表型信息;當然對環境因子的同步監測也十分必要。
在開發FieldScan時,我們的目標是提供一套可在任何環境下使用;每天可進行多次掃描;同時可剔除低質量數據的田間表型獲取系統。如果側重通量和靈活性,我們可以在田間使用拖拉機或UAV等移動設備。但為了獲得毫米級的高精度測量,我們決定不再使用這些傳統移動設備,而高精度的測量僅適用于固定式的系統。為此我們需要開發一套能同時滿足高精度和高通量的移動平臺。
同時適用于溫室和田間
FieldScan系統既然已經能夠適應嚴苛的田間環境,當然也就能夠在溫室內進行高通量測量。我們已經為不同的客戶安裝了數套在溫室內的系統,與田間系統一樣,都取得了出色的測量結果。