凡是混入細胞培養環境中對細胞生存有害的成分和造成細胞不純的異物都可視為污染。細胞污染可分為三大類：微生物污染、細胞間交互污染和化學污染。

微生物污染：包括真菌、細菌、支原體和病毒污染。

細胞間交互污染：指的是非同種的其他細胞污染

化學污染：指影響細胞生存的非細胞所需的化學成分。

一、微生物污染

細菌和真菌污染是較容易發現的，而病毒、支原體和其他細胞系的污染是不容易被察覺的。

1. 細菌污染時培養液pH值改變，溶液變渾濁。細菌的大量增殖導致細胞液中營養大量消耗，并產生毒素抑制細胞的生長，最終導致細胞崩解死亡。在有抗生素存在的條件下易造成隱性污染。

2. 病毒污染是最難發現和清除的，對于實驗人員也是一個潛在的危險因素，不過病毒具有嚴格的宿主性和自限性。

3. 支原體污染是一種比較嚴重的細胞污染，難發現難去除。該種污染在顯微鏡下看不到，不引起培養液渾濁和pH改變。由于支原體營養要求高，故不容易用傳統的微生物培養法檢測到。此外，支原體不能通過過濾清除，且大多數抗生素對其無效！

4. 真菌污染中多是毛霉菌、孢子霉、白念珠菌、酵母菌等污染，易通過孢子傳播。霉菌污染后多數在培養液中形成肉眼可見的白色或淺黃色漂浮物，短期內培養液不渾濁。顯微鏡下觀察可見在細胞之間有縱橫交錯穿行的絲狀、管狀及樹狀菌絲。常規的抗生素、紫外線和酒精對真菌的滅菌效果較差，難以消除。真菌污染大部分是人為帶進細胞間，或者空氣環境造成。

二、細胞系交叉污染

細胞系交叉污染難于發現，當傳代細胞出現生長速度異常時，可懷疑該種污染。預防該類型污染時，操作人員應同一時間只傳一種細胞，每種細胞液要有單獨的培養液，并且建立細胞庫，每三個月更換一次細胞。