一套完整的蠕動泵系統通常包括主機、泵頭、軟管3部分。
目前國內最常見的蠕動泵管，有硅膠管、復合橡膠管、PVC管等等。

使用硅膠泵管的場合一般為生物或制藥行業相關，如培養液的過濾、細胞灌流、發酵罐、注射用水輸送等。工業流程中一般用制作工藝較高的鉑金硫化硅膠管（如道康寧pharma-50、APT硅膠管，或圣戈班3350軟管），其內壁光滑，可達到FDA、USP、EU、NSF-51等標準的相應章程要求。

硅膠管作蠕動泵應用時壽命并不長，一般為600rpm、3滾輪泵頭、23℃、測試樣品為純水時，壽命50-75小時。道康寧APT軟管（Advanced Pump Tubing）壽命為一般硅膠管的6倍左右，此為例外。然而鉑金硫化硅膠彈性體是一種優良的材料。在制作工藝優良的前提下，鉑金硫化硅膠管擁有疏水性的光滑內表面，幾乎不會帶來渦流死角，是完全的變化控管；同時，硅膠管可以121度濕熱滅菌，所以在生物及制藥相關領域，硅膠管的應用相當廣泛。

另外，硅膠對有機樣品的耐性較差，輸送極性有機溶劑，易造成泵管壽命大幅降低，增加停工、換管次數；更重要的是硅膠被溶解后，其含硅成分進入下一步工藝中引起污染。
軟管對物料的化學兼容性可分為4類：優秀（E：Excellent），良好（G：Good），不合格、差（F：Fail），以及X（不推薦）。原則上，兼容性為F或X級別的，必須更換其它管材。舉例：鉑金硫化硅

膠對乙醇的耐性為F，對丙酮的耐性為X，對乙醇的耐性為E，對乙酸和脂肪酸等弱極性物質為G。對乙醇和丙酮必須采用耐受性為G或E的其它管材，這是多數使用者忽略的，然而在某些實驗中，此類有機物對硅膠管的溶解，已經在影響實驗結果。

那是什么造成了硅膠管面對有機物料時的無力呢？

微觀角度，硅膠是多孔性的蜂窩狀Si-C鏈聚合物，其表面的疏水基團可以阻止多數極性分子通過。
同時正因為如此，極性分子會與之相似相溶。在輸送極性有機物時，硅膠管本身被不斷侵蝕溶解，使用一段時間后（時長依有機物性質而異），硅膠管像海綿吸水一樣，充滿有機溶劑，不斷有分子從其表面揮發。
這些有機分子以氣態或蒸汽形式存在，長期浸泡蠕動泵泵頭。如果泵頭本身是PESU等化學耐性差的材質，一般會加速泵頭老損，甚至造成裂解。