基因芯片實驗設計探討

彼得•杜拉克 (Peter F. Drucker) 的名言「效率是把事情做對；效用是做對的事情」，基因芯片 (microarray) 數據結果能否發揮最大的效用在于一開始是否做了正確的實驗設計，依研究目標進行分析，從中擷取最想看的結果并厘清疑慮。華聯生技將介紹基因芯片實驗設計的種類，繼續為您的實驗扮演最佳效率的角色。 

基因芯片實驗設計種類

一般而言，基因芯片實驗設計須針對基因芯片重復性及生物性重復進行設計。以最佳的實驗設計來說，三重復的基因芯片實驗結果是從科學研究角度最具可信度的，因各種實驗中所使用的試劑、儀器、環境、人..等各方面皆會使實驗結果具有某種程度的量測不確定度，三重復的實驗設計即是為了降低這些量測變異。但如因研究經費之限制或仍在尋找方向，亦可選擇單片或雙重復，先從茫茫的基因海中尋找出隱約的方向，如果方向是令人興奮的，再考慮投入更多經費，進行更為嚴謹的多重復芯片驗證實驗。

    生物重復性是指研究人員在收集生物樣品時，可能因組織位置、個體差異、實驗環境偏差…等導致同一條件的生物樣品實驗產生截然不同的結果。例如研究小鼠的肝臟基因差異，A老鼠與B老鼠即使是以相同條件飼養及用藥，仍會有先天上的個體差異，意即A老鼠與B老鼠的肝臟基因表現不會完全相同；或是細胞培養的實驗，A盤細胞與B盤細胞雖用相同的培養及用藥條件，但可能兩盤細胞在培養箱的位置不同，例如A盤細胞比較靠近溫度、CO2、光源…等控制器附近，使得A盤細胞與B盤細胞的基因表現有差異。為了確認并降低這種個體差異，應進行生物重復性試驗，即指多養幾只老鼠或幾盤細胞，每只老鼠或每盤細胞皆進行一次芯片實驗，最后結果分析時只挑選在生物性重復內呈現相同趨勢的基因。如果生物性重復的芯片結果差異太大，可能代表有不知名的因素干擾個體老鼠或細胞的生理或心理環境，需重新檢查實驗設計，并另做一次生物性重復實驗。

    華聯生技針對常見的實驗型態，將實驗設計與分析歸成六大種 ，

以上六種常見基因芯片實驗設計詳述如下

A1 & A2 為成對樣品的實驗設計， A1 & A2 .pdf
B & C 為多樣品實驗設計，B & C .pdf
D & E 為單因子影響及多因子交互作，D & E .pdf

一次的芯片實驗往往可以得到數以百筆的實驗數據，若沒有一開始就把實驗設計好，很容易就會迷失在數據海中，造成時間與經費上的耗損卻得不到好的結果。華聯樂意與您分享超過十年的芯片實驗設計經驗，若有任何跟芯片實驗相關的疑問，都歡迎與華聯聯絡喲。