多肽的溶解度取決元計算的物理特性。氨基酸可分類為酸性，堿性，極性，非極性，疏水性。多肽有高含量的非極性疏水性氨基酸或極性不帶電荷的氨基酸。建議溶解在有機溶液中（例如：DMF，甲醇，丙醇，異丙醇，DMSO）。總之，酸性多肽一般溶解于堿性溶液中，而堿性多肽溶解在酸性溶液中。

氨基酸的屬性

堿性：Arg,His(H),Lys(K)

非極性疏水性：Ala(A),Ile（I），Len(L),Met(M),Phe(F),Pro(P),Trp(W),Val(V)

極性不帶電荷：Asn(N),Cys(C),Glg(G),Gln(Q),Ser(S),Thr(T),Tyr(Y)

酸性：Asp(D),Glu(E)

Bachem公司發布每批號的產品分析報告(ADS），提供在特殊溶液中的溶解度。客戶可以酌情按產品分析報告中溶液來溶解多肽。或者客戶可以按下列方法試驗小量樣品中多肽的溶解度。由于多肽的溶解特性取決于其氨基酸成分。在選擇適當的溶劑之前我們建議先查一下多肽的氨基酸序列，

1、  堿性多肽（堿性氨基酸數量＞酸性氨基酸數量）應該先用小量酸性氨基酸溶液（例如：醋酸或三氟醋酸）溶解，然后稀釋劑所需的濃度。制備高濃度的儲存液時，應用80%醋酸溶解多肽。也可用20%醋酸溶解減少醋酸對于檢測系統的不良影響。

2、  酸性多肽（酸性氨基酸數量＞堿性氨基酸數量）應該先用小量堿性氨基酸溶液（例如0.1%氨水，NH₄OH）,然后用水稀釋到所需的濃度。應該注意，對于含有半胱氨酸(Cysteine)的多肽要避免使用氨水，因為在PH堿性條件下會促使二硫鍵的形成。

3、  中性或者高度疏水性多肽，含有許多極性不帶電荷的氨基酸或非極性疏水性氨基酸，應該用小量的有機溶劑（例如：DMF，甲醇，丙醇，異丙醇，DMSO）溶解，因為DMSO可形成氨基酸甲風化。

4、  離液劑（例如尿素，鹽酸胍）有時用來溶解凝聚的多肽，但如有可能應當盡量不用，因為離液劑會干擾多肽的生物學應用。在個別情況下，多肽的溶解時間較長，甚至達幾個小時，在水浴中超聲波打幾分鐘可促使大顆粒多肽的溶解。但是不要加度加熱。含有Trp,Met,Cys的多肽要額外小心避免氧化，應該用無氧的水或還原劑（例如DTT）來溶解。儲藏時，多肽溶液應該分裝后置于-15℃，可以保持穩定幾個月，含有Trp,Met,Cys的多肽半衰期較短，不宜長期保存。

 

多肽在溶解和儲存時，應遵循下列要點：