組織細胞的破碎方法很多，有機械方法、物理方法、化學方法和生物化學方法等。在破碎前，材料常需要預處理，如動物材料要除去與實驗無關甚至有妨礙的結締組織，脂肪組織和血污等，植物種子需要除殼，微生物材料需將菌體和發酵液成分分開等。
不同實驗規模、不同實驗材料和實驗要求，使用的破碎方法和條件也不同。一些堅韌組織，如肌肉、植物的根莖等，常需要強烈的攪拌或研磨作用，才能把其組織細胞破壞。而比較柔軟的組織如肝、腦等，用普通的玻璃勻漿器即可達到完全破壞細胞的目的。對同一實驗材料，由于實驗目的（要求）的不同，采用的破碎方式也存在一定差異，如提取中的核酸和提取其中的核苷酸，前者必須保持十分溫和的條件，以保持分子的完整性；后者可采用強烈手段。

　　1． 機械法
　　主要通過機械切力的作用使組織細胞破碎的方法，常用的器械有組織搗碎機、勻漿器、研缽和研磨、壓榨器等。
　　1）組織搗碎機 一般用于動物組織、植物肉質種子、柔嫩的葉芽等，轉速可高達10000rpm/M以上。由于旋轉刀片的機械切力很大,制備一些較大分子如核酸則很少使用。
　　2）勻漿器 勻漿器的研缽磨球和玻璃管內壁之間間隙保持在十分之幾毫米距離，破碎細胞的程度比組織搗碎機高。制作勻漿器的材料，除玻璃外，還可以用硬質塑料、不銹鋼、人造熒光樹脂等。
　　3）研缽 多用于細菌或其他堅硬植物材料，研磨時常加入少量石英砂，玻璃粉或其他研磨劑，以提高研磨效果。
　　4）細菌磨 是一種改良了的研磨器，比研缽具有更大的研磨面積，而且低部有出口。操作時先把細菌和研磨粉調成糊狀，每次加入一小勺，研磨20-30秒即可將細菌細胞完全磨碎。

　　2． 物理法
　　主要通過各種物理因素使組織細胞破碎的方法。在生化制備中常用的方法有：
　　1）反復凍溶法 先將樣品深冷至-15---20度使之凍固，再緩慢的融化，反復多次，多用于動物性材料。
　　2）急熱驟冷法 將材料投入沸水中，維持85-90分鐘，至水浴中急速冷卻，此法可用于細菌及病毒材料。
　　3）超聲波處理 頻率一般選在10KC至200KC，功率200-500瓦范圍，處理時間有數分鐘至數十分鐘不等，處理過程中注意冷卻。此法多用于微生物材料。

　　3．化學及生物化學法
　　有自溶法，酶解法和表面活性劑法等。
　　1）自溶法 在一定PH和適當的溫度下，利用組織細胞內自身的酶系統將細胞破碎的方法。此過程需較長時間，常用少量防腐劑如甲苯、氯仿等防止細胞的污染。
　　2）酶溶法 利用各種水解酶，如溶菌酶、纖維素酶、蝸牛酶、半纖維素酶、脂酶等，將細胞壁分解，使細胞內含物釋放出來。有些細菌對溶菌酶不敏感，加入少量巰基試劑或8摩爾尿素處理后，使之轉為對溶菌酶敏感而溶解。
　　3）表面活性劑處理 如十二烷基硫酸鈉、氯化十二烷基吡啶等。