盡管現(xiàn)在所有的注意力都集中到了蛋白芯片的研究上，蛋白質(zhì)組研究實(shí)驗(yàn)室的主流技術(shù)還是雙向凝膠電泳。雙向凝膠電泳在歷史上由于其低通量、低重復(fù)性以及對(duì)于少量蛋白不易檢出的特性，其應(yīng)用受到限制，這些少量蛋白通常是人類蛋白質(zhì)組中最重要的疾病相關(guān)蛋白。然而，雙向凝膠電泳技術(shù)的優(yōu)勢(shì)又繼續(xù)推動(dòng)了日益進(jìn)展高通量模式的細(xì)化與開發(fā)。

　　數(shù)碼蛋白質(zhì)組芯片是Protein Forest公司的微化芯片，用于通過電荷和分子量大小在混和物中分離蛋白。在第一維分離中采用的等電點(diǎn)分離可被有效地?cái)?shù)字化，在第二維采用的標(biāo)準(zhǔn)電泳中避免了在線型梯度中常常會(huì)出現(xiàn)的模糊現(xiàn)象。公司首席執(zhí)行官Russell Garlick說：“采用等電點(diǎn)分離，精度的提高是關(guān)鍵所在，這樣就可以提高可重復(fù)性。”

　　通過微芯片進(jìn)行分離只需要幾分鐘的時(shí)間，可以明顯的提高產(chǎn)量。芯片具有的靈敏度可以用來鑒定低豐度或者遷移率比較特殊的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)可以被量化，從而在一種芯片格式中可以顯示蛋白質(zhì)組范圍的表達(dá)概況，同時(shí)還設(shè)計(jì)出第二種格式用于后續(xù)的大規(guī)模譜系分析，用來鑒定出未知蛋白質(zhì)。

　　數(shù)碼化蛋白質(zhì)組芯片軟件包中包括用于解碼銀染色芯片所產(chǎn)生的灰度圖像的分析軟件，來制作一個(gè)輪廓圖和3維圖像。該軟件可以讓用戶開發(fā)出與外部數(shù)據(jù)庫兼容的內(nèi)部數(shù)據(jù)庫，促進(jìn)了蛋白鑒定與數(shù)據(jù)交換。

無需費(fèi)勁的提純過程:
　　另外一種革新的方案就是蛋白質(zhì)組系統(tǒng)的化學(xué)噴墨打印機(jī)（ChIP）。化學(xué)噴墨打印機(jī)采用的壓電打印技術(shù)噴射微量試劑到雙向凝膠的蛋白點(diǎn)上，從而通過這種電子印跡法將蛋白從凝膠轉(zhuǎn)移到聚偏二氟乙烯（PVDF）膜上。這一設(shè)備可以使研究者跨越笨拙的切除、消化、提取、提純以及目標(biāo)識(shí)別等步驟。經(jīng)處理以后，印跡膜可以直接在質(zhì)譜儀上進(jìn)行肽分析。該系統(tǒng)可以很容易地把2毫米的蛋白點(diǎn)分成4×4的試劑格，從而可以用不同的酶對(duì)一個(gè)單獨(dú)樣本進(jìn)行同步分析。

蛋白分離并不僅限于固相工具。Beckman Coulter提供了一個(gè)叫做ProteomeLab的流體系統(tǒng)，用于2-D蛋白分離以及高效液相色譜分析。色譜聚焦法的下一步是進(jìn)行無孔反相層析來對(duì)復(fù)雜混合物中的蛋白進(jìn)行高分辨率分離。液體成份可被貯存或者進(jìn)行電噴離子化分析——即質(zhì)譜（MS）或用于基質(zhì)輔助激光解吸附電離（MALDI）的平板點(diǎn)樣檢測(cè)。

　　相類似的是，Eksigent Technologies公司的NanoLC-2D蛋白質(zhì)組系統(tǒng)將自動(dòng)化的2-D高性能液相色譜分析與精確的納米級(jí)梯度以及簡單操縱相結(jié)合，從而促進(jìn)了多維肽分析。NanoLC-2D系統(tǒng)采用Eksigent的直泵式納米微流技術(shù)，使得LC/MS蛋白質(zhì)組研究的檢測(cè)靈敏度以及重復(fù)性得以提高。通過自動(dòng)化運(yùn)行2-D肽分離，如用于分析膜肽的MudPIT方法，它還增長了便利性。