羅氏序列捕獲技術用于藥物基因組數據的生成
羅氏序列捕獲技術用于電子醫療檔案中藥物基因組數據的生成
美國梅奧診所是一所擁有悠久歷史的綜合醫學中心，在美國擁有多家診所、自己的醫學院以及數千名臨床專家和科學家。最近美國梅奧診所在其醫學期刊中發表了一篇文獻1，介紹正在進行的一個以藥物基因信息指導個性用藥的項目，該項目也是美國國家健康研究所(NIH)支持的一個個性化用藥研究項目(The Right Drug, Right Dose, Right Time-Using Genomic Data to Individualize Treatment Protocol) 的組成部分之一。
在這個項目中，梅奧診所的科研人員首先通過統計學模型，根據年齡、性別、種族和6種慢性病記錄，從病人數據庫中選出了在三年內有較高可能性會接受斯達汀類藥物進行治療的病人，向這些病人發出邀請。邀請他們自愿參與一組藥物基因的變異檢測，檢測結果將記錄在他們的電子醫療檔案中，這些基因變異檢測的結果可以用于一些藥物使用的參考。
藥物研究已結果表明，一些基因變異可以使得不同個體對于藥物產生不同反應。相同的藥物，可能在不同的個體中引起包括嚴重副作用、正常作用、完全無效等不同的用藥結果，其原因之一在于個體的某些基因基因型的差異。因而，在床旁診斷中包括藥物基因檢測結果，對于減小副作用、最大化藥效、合理選擇藥物，非常重要。而目前這一實踐受到限制的原因在于傳統藥物基因組檢測，一般僅在用藥前進行基因檢測影響用藥的及時性、延誤治療時機；而普通電子醫療記錄尚未能包含藥物基因檢測結果、基因與用藥關系的信息，也影響了個性化治療的開展；另外，對于根據藥物基因組檢測結果指導用藥是否能提高經濟效益及臨床結果也尚缺乏大樣本數據支持。
表：由the Pharmacogenomics Research Network挑選的利用NimbleGen序列捕獲后測序的84個藥物基因列表。摘自Bielinski SJ, et al.Mayo Clin Proc. 2014 Jan;89(1):25-33. doi: 10.1016/j.mayocp.2013.10.021.
此次梅奧診所的項目完成了1000名病人，共85個藥物基因變異的檢測，并將這些變異根據現有的基因與藥效數據生成臨床用藥指導信息，記錄在病人的醫療電子檔案中。這些病人在此后一旦需要進行相關藥物治療，就可以直接參考這些數據選擇合適藥物和劑量。在基因突變檢測中，除CYP2D6基因外，其他藥物基因變異檢測主要方法是通過定向二代測序方法完成的：首先采集病人血樣、提取基因組DNA，再用羅氏NimbleGen序列捕獲探針富集樣本中84個藥物基因的DNA片段，而后進行二代測序。這一方法，可以幫助同步完成數十病人、大量基因的同步測序，時間成本及檢測費用都相對較少。此次挑選進行捕獲測序的基因包括84個已知與用藥相關的基因，由美國藥物基因組研究網絡（the Pharmacogenomics Research Network）開發，檢測結果分別用于臨床相關的用藥指導和研究用途。基因測序結果進行分析后，根據現有的基因與藥物關系信息生成用藥指導信息，保存在電子檔案中。值得一提的事，其他的測序結果也被保留下來，如在將來獲得新的基因變異與用藥關系的證據，可以重新對基因結果再次進行分析，并將新的用藥指導信息添加到電子檔案之中。
研究者認為這個項目的意義可用于評估提前進行藥物基因檢測及利用電子醫療檔案中基因信息指導用藥的作用，可能創新出新的利用基因檢測結果指導用藥的方法。
1. Bielinski SJ, et al.Preemptive Genotyping for Personalized Medicine: Design of the Right Drug, Right Dose, Right Timed Using Genomic Data to Individualize Treatment Protocol. Mayo Clin Proc. 2014 Jan;89(1):25-33. doi: 10.1016/j.mayocp.2013.10.021.
僅用于生命科學研究，不用于診斷
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