MCE 基因作用數據庫上線，助您快捷獲取生物信息

瀏覽次數：1764　發布日期：2023-3-29　來源：本站　本站原創，轉載請注明出處

小 M：嗨，趴 MCE 官網一早上了，在干什么？

小白：新課題確定了，導師想要我研究 XXX 關于 XXX 的疾病的研究，在選產品呢，蛋白，抑制劑，一一搜索 ing…

小 M：你是怎么選的？

小白：比如 EGFR, 在官網搜索框點擊 EGFR, 進入靶點, 勾選類別,選擇排名在前的產品仔細研究。

小M：方法是個好方法，還有更便捷的方式 -- 基因作用數據庫。

小白：？？？這是個什么數據庫~

小M：這個數據庫基于海量熱門基因，整合了來自 HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee)，NCBI (national center for biotechnology information)，Ensembl (Ensembl genome browser 107），OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)，和 Gene Cards 等各大權威數據中心，混合與多類型數據庫的交互方式。同時，數據庫也配套提供了關聯疾病及化合物庫。

下面一起看看具體功能吧！

基本功能

■ Quick Search 功能

通過 Search 基因名或基因符號，就可以看到該基因在不同物種下的所有名目。還是以 EGFR 為例，檢索后可以一覽該基因所屬的信號通路、同源信息，以及組織表達情況。

■ Flexible Browse 功能

點擊特定基因，進入到詳情頁面。各個模塊集中展示了研究工作中重點關注信息。可以根據基因-蛋白-疾病-產品的順序，或點擊上方的浮動工具欄，按需獲取基礎信息。

例如蛋白模塊，下方列出了多種蛋白名稱用法，來源于已有研究/出版刊物的使用記錄。高頻率名稱將推薦為主名。

信息篩選

小白：是很方便，但我還有個疑問，比如我就想選擇一個 EGFR 重組蛋白，下面列出這么多，我該怎么判斷？

小M：下方列出的重組蛋白可用直接從名稱上知悉一二。

例如紅色框的內容表明它是重組 EGFR 蛋白，綠色框表明來源物種，藍色框則說明了蛋白長度、表達體系、融合標簽、以及是否生物素化。“蛋白編號” 列關聯了 Uniprot 這個蛋白資源寶庫，有更多好奇心的童鞋可以再探索更多信息~

Tips：

(1) 蛋白長度或決定蛋白功能是否正常。

(2) 常見的表達體系有 E.coli、CHO、Sf9、赤畢酵母等。

E.coli 適用于原核來源或無需翻譯后修飾的真核蛋白。CHO 是哺乳動物細胞，具有表達穩定、蛋白修飾準確的優點。Sf9 昆蟲細胞則是桿狀病毒常用的表達宿主。赤畢酵母是甲醇營養酵母，可提取高純度重組蛋白。最后，應根據具體情況選擇合適的表達系統。

(3) 融合標簽是免疫分析的重要幫手，一般可增強蛋白可溶性、屏蔽毒性蛋白。應選擇大小合適的標簽用于后續實驗。

(4) 生物素化不干擾分子固有功能，可特異性結合鏈霉親和素或抗生物素蛋白，增加實驗設定。

關聯疾病

小白：明白了。接下來的疾病模塊好長呀，我大概知道 EGFR 與多種疾病有關系就好啦，沒想到 MCE 基因作用數據庫要給我看這么多。
小M：是的，這里展示的基因關聯疾病數目確實很多。但是檢索方式靈活，支持識別疾病主名/別名。比如你想了解癌癥領域的疾病，在檢索框搜索 “Cancer”，結果里出現的癌癥疾病在一定程度上可以幫助課題細分方向，選擇合適的動物模型研究。包含豐富別名的疾病，更是有潛力的應用方向哦，論文創新點+1+1。