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賽默飛Ion AmpliSeq™技術應用于腫瘤異質性與藥物耐受性研究

瀏覽次數:2261 發(fā)布日期:2015-5-20  來源:本站 本站原創(chuàng),轉載請注明出處
研究發(fā)現腫瘤異質性可能影響藥物耐受性
 
2015520日,上海——《Annals of Oncology》雜志發(fā)表的一項研究表明,轉移性結直腸癌患者的腫瘤異質性可能會影響藥物耐受性。
 
意大利Isituto Nazionale Tumori Fondazione Giovanni Pascale的研究人員對CAPRI-GOIM臨床試驗登記的182名患者的腫瘤圖譜進行了研究。該臨床實驗針對患者的KRAS基因突變狀態(tài)進行評估。患者首先給藥FOLFIRI和西妥昔單抗進行一線治療,之后隨機接受FOLFOX給藥或FOLFOX及西妥昔單抗聯(lián)合給藥。
 
在之前的研究中,該團隊已發(fā)現患者體內存在明顯的瘤內異質性。但最近進行的這項研究的目標則是確定這種異質性的臨床影響。例如,研究人員表示,他們希望了解是否存在一個KRAS突變腫瘤異質性閾值,足以決定著“腫瘤是否對EGFR單克隆抗體藥物作出應答”。該研究的另一目標則是確定其他基因的突變是否也影響耐受性的發(fā)展。
 
他們使用了賽默飛的Ion AmpliSeq Colon and Lung Cancer panel。該產品可評估22種基因并評估其各自的突變異質性——盡管他們主要分析KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA四種突變基因。
 
KRAS和NRAS突變會使腫瘤對抗EGFR單克隆抗體具有耐受性,在所有轉移性結直腸癌腫瘤之中,這一類突變的發(fā)生幾率大約為60%。此外,在轉移性結直腸癌腫瘤之中,存在BRAF和PIK3CA突變的幾率分別為5-10%和15-20%——盡管其在抗EGFR單克隆抗體耐受性方面的作用仍存在爭議。
 
在采用靶向panel處理后,該團體根據等位基因突變頻率對四種基因各自進行了異質性評分。100分表示所有腫瘤細胞均存在突變,得分超過100分表示還存在拷貝數變異——即存在等位基因獲得或野生型等位基因丟失。
 
在全部182例樣本之中,78例(四種基因)至少存在一種基因突變,其中包括45例KRAS突變、24例PIK3CA突變、15例BRAF突變和13例 NRAS突變。KRAS和NRAS突變無法共存,而RAS野生型和突變腫瘤之中均檢測到了PIK3CA和BRAF突變。
 
之后,研究人員確定了各個樣本及各個突變基因的異質性得分。對于KRAS突變,異質性得分范圍介于12至260之間,平均得分為87.1,有60%的腫瘤的異質性得分超過70。對于NRAS,77%的病例得分超過70,平均得分為102.8。作者表示,“這些數據表明,RAS突變很可能發(fā)生在結直腸癌腫瘤形成的早期階段。”
 
與之形成鮮明對比的是,只有26.7%的樣本的BRAF異質性得分超過70,平均得分僅為54.8。與之類似,僅有33.3%的PIK3CA突變的異質性得分超過70,平均得分僅為59.5。
 
研究人員隨后評估了,是否可以基于一致性對腫瘤進行分類,從而判定樣本是否對藥物存在應答,進而推斷出KRAS突變細胞低于1/3的腫瘤可以從抗EGFR療法中獲益。
 
在10例得分低于33的患者中,有7例(相當于70%)對于一線療法進行了應答,而KRAS基因突變異質性得分超過33的患者之中,只有45.7%出現了應答。非常耐人尋味的是,這兩個群體的中位無進展生存時間(median progression-free survival)基本相當。作者表示,“這是一個非常奇怪的趨勢。”
 
作者表示,數據表明,“少部分攜帶耐藥性突變的細胞的存在,可能無法妨礙特定藥物的應答,但是應答時長可能會因為耐藥克隆快速增殖而縮短,從而導致這種疾病復發(fā)。”
 
作者還發(fā)現KRAS得分高低不同的患者群體在其他基因突變譜方面存在差異。例如,在KRAS異質性得分較低的腫瘤之中,發(fā)生PIK3CA突變的頻率要比KRAS突變異質性得分高的腫瘤要高:在6/10例的低KRAS得分樣本中存在PIK3CA突變,只有8/35的高KRAS病例存在PIK3CA突變。
 
這一類發(fā)現使人們進一步思考主導EGFR藥物耐藥性的因素是什么。作者表示,為確定究竟是“低KRAS突變水平,PIK3CA和BRAF突變,其他未涵蓋在我們的Panel之中的基因主導著耐藥性,還是這些通道在協(xié)同作用——很可能是這種結果”,仍需作進一步的研究工作。
 
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