羅氏與KapaBiosystems合作推出序列捕獲建庫試劑盒

瀏覽次數：5466　發布日期：2014-1-20　來源：本站　本站原創，轉載請注明出處

羅氏與KapaBiosystems公司合作升級NimbleGen現有的二代測序目標序列捕獲方案，KapaBiosystems公司將為羅氏NimbleGen定制二代測序建庫試劑盒，搭配NimbleGen的各款序列捕獲產品使用。該款試劑盒將有羅氏NimbleGen負責銷售，該產品已經在國內上市。

通過這次與Kapa的合作，客戶將可以從羅氏NimbleGen購買到捕獲測序上機前的所有實驗用的試劑，換而言之，即NimbleGen提供包括二代測序文庫構建試劑、目標區域捕獲探針、雜交洗脫試劑等等各實驗步驟的試劑。捕獲實驗操作方法、流程也再次進行了測試和優化，更新標準實驗操作手冊¹。內部測試數據表明新試劑盒可以用于低起始量樣品建庫后進行目標區域捕獲，包括可用于福爾馬林包被（FFPE）的樣品外顯子組或其他捕獲測序，相關技術文獻可從NimbleGen官方網頁下載²。除可用于低起始量的樣本建庫外，此次推出的建庫試劑盒，相比其他同類實驗，可以減少建庫的GC偏好，保證更好的文庫多樣性，從而提高探針捕獲后的富集效果。

圖1：不同起始量樣本進行SeqCap EZ Exome v3捕獲測序的結果（每個樣本以隨機抽取75M條測序數據位標準）。可見即使低至10 ng起始量，在目標區域的覆蓋度上都是相當的。

圖2：此次推出的建庫試劑盒可以提高測序結果的均一度。圖中橫坐標顯示了捕獲目標區域上GC含量，縱坐標表示該GC含量的目標區段的測序深度。藍色為此次推出試劑盒的實驗結果，相比紅色用其他方法進行實驗的結果，可以看到此次推出的建庫試劑在AT富集和GC 富集區域的測序深度都有提高。

對于此次合作，羅氏NimbleGen公司總裁Rebecca Selzer表示：”羅氏NimbleGen不但一直追求技術上的創新，我們也不斷努力為客戶帶來更便捷的體驗。這次通過我們兩家公司的合作，整合優秀的產品，將為我們的客戶帶來更完整、更高效的實驗體驗。”KapaBiosystems公司的創始人及首席技術官John Foskett也表示：”與羅氏NimbleGen的合作，整合兩個具有互補性的產品，提供優異的定向捕獲富集方案，可對更多種類、不同樣本量的樣本實現高質量測序。我們將致力于持續提高產品，提供更多測序解決方案。

除新的建庫試劑盒外，羅氏NimbleGen也推出了一些新的試劑，包括新版的擴增試劑、大豆、玉米、大麥、小麥等外顯子組捕獲探針等。更多產品相關信息請瀏覽羅氏NimbleGen官方網頁www.nimblegen.com。

NIMBLEGEN 及 SEQCAP是羅氏注冊商標，KAPA是KapaBiosystems的注冊商標，歸各自公司所有。

1. Roche NimbleGen. (2013). SeqCap EZ Library SR User’s Guide. Roche NimbleGen Inc., Madison, WI. Retrived from http://www.nimblegen.com/products/lit/06588786001_SeqCapEZLibrarySR_UGuide_v4p2.pdf

2. Raterman, D., Jefferson, K., Wendt, J., Brockman, M., and Burgess,D. (2013). Target enrichment protocol for preparing formalinfixedparaffin embedded (FFPE) tissue samples fornext-generation sequencing. Roche NimbleGen Inc., Madison, WI. http://www.nimblegen.com/products/lit/07180748001_FFPE_ApplicationNote_12092013.pdf

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